Если вы используете VPN через приложение, поддерживающее конфиги, скорее всего в нем будет функционал «Правил».

В нем вы можете создать, или найти правило, которое отключает использование VPN для ру-доменов.

Таким образом, вы сможете иметь доступ к приложениям которые отказываются работать со включенным VPN.

Однако, вероятно скоро приложения будут проверять использование VPN, подключаясь к некому внешнему домену, но и эту проверку можно будет обойти.