Влез, значит, в дискуссию про Генотек, и как-то сам нашел источник, откуда, видимо, начался этот 170 IQ псиоп. Ну то есть, все же не с потолка взялось, как я изначально подумал.
Итак, ноги растут из GWAS'a за авторством аж самого Пломина (очень большая шишка в психогенетике). Там нашли 3 значимых SNP — и, видимо, их Генотек некритически экстраполировал в свой продукт. Типа, если есть (видимо, если есть все?) — пишем клиенту уберайку.
Как обычно, дело в интерпретации. Все снипы — интронные, и, более того, в одном гене (ADAM12). Никаких эффектов на сигнальные пути у авторов предсказать не получилось. Я решил применить к этим снипам типичную проверку для клинической интерпретации — посмотрел в gnomAD частоту встречаемости этого полиморфизма в глобальной популяции. Логика здесь простая — если SNP ассоциируется с чем-то экстраординарным (170 IQ — штука не менее необычная, чем "патогенный" фенотип, незамеченной вряд ли останется), то мы не ожидаем у такого SNP высоких частот в популяции. Порогом по ACMG гайдам обычно берут 5%. Что б вы думали? Частоты встречаемости этих интронных снипов гениальности — от 20 до всех 90%.
С учетом того, что все они находятся в одном гене, сцепление при наследовании должно быть очень большим: напомню, что одна сантиморганида примерно равна миллиону нуклеотидов, длина гена ADAM12 — 6 тысяч, школьной генетикой прикинем, что кроссоверных гамет ожидается около 0.006%. Следовательно, скорее всего, сочетание всех трех снипов в одной "фазе" это далеко не редкое событие — и людей с таким сочетанием, очевидно, будет намного-намного больше, чем 170 айкидо гениев. Ну, разве что, можно нафантазировать сценарий, что эти снипы наследуются в "противофазе", и дают гения только оказавшись вместе.
Впрочем, это все заложенные ограничения GWAS. Статья Пломина от этого не становится бессмысленной. А вот копипаст этих снипов из статьи в тест Генотеком — это буквально неправильная интерпретация генетических находок. С таким подходом у них реально большинство клиентов будут гениями оказываться.
А да, чуть не забыл, команда Пломина добросовестно сравнивала свои результаты с другими GWAS, и честно сообщила, что
Итак, ноги растут из GWAS'a за авторством аж самого Пломина (очень большая шишка в психогенетике). Там нашли 3 значимых SNP — и, видимо, их Генотек некритически экстраполировал в свой продукт. Типа, если есть (видимо, если есть все?) — пишем клиенту уберайку.
Как обычно, дело в интерпретации. Все снипы — интронные, и, более того, в одном гене (ADAM12). Никаких эффектов на сигнальные пути у авторов предсказать не получилось. Я решил применить к этим снипам типичную проверку для клинической интерпретации — посмотрел в gnomAD частоту встречаемости этого полиморфизма в глобальной популяции. Логика здесь простая — если SNP ассоциируется с чем-то экстраординарным (170 IQ — штука не менее необычная, чем "патогенный" фенотип, незамеченной вряд ли останется), то мы не ожидаем у такого SNP высоких частот в популяции. Порогом по ACMG гайдам обычно берут 5%. Что б вы думали? Частоты встречаемости этих интронных снипов гениальности — от 20 до всех 90%.
С учетом того, что все они находятся в одном гене, сцепление при наследовании должно быть очень большим: напомню, что одна сантиморганида примерно равна миллиону нуклеотидов, длина гена ADAM12 — 6 тысяч, школьной генетикой прикинем, что кроссоверных гамет ожидается около 0.006%. Следовательно, скорее всего, сочетание всех трех снипов в одной "фазе" это далеко не редкое событие — и людей с таким сочетанием, очевидно, будет намного-намного больше, чем 170 айкидо гениев. Ну, разве что, можно нафантазировать сценарий, что эти снипы наследуются в "противофазе", и дают гения только оказавшись вместе.
Впрочем, это все заложенные ограничения GWAS. Статья Пломина от этого не становится бессмысленной. А вот копипаст этих снипов из статьи в тест Генотеком — это буквально неправильная интерпретация генетических находок. С таким подходом у них реально большинство клиентов будут гениями оказываться.
А да, чуть не забыл, команда Пломина добросовестно сравнивала свои результаты с другими GWAS, и честно сообщила, что
None of the SNPs replicated in significance.