Мы уже писали об ускользании коронавируса от иммунного ответа - а между тем в его арсенале есть еще диагностическое и терапевтическое ускользание. Процитируем письмо FDA США от 8 января:
Генетические варианты SARS-CoV-2 могут привести к ложноотрицательным результатам молекулярных тестов для обнаружения SARS-CoV-2.
Присутствие генетических вариантов SARS-CoV-2 в образце пациента может потенциально изменить эффективность теста на SARS-CoV-2. Молекулярные тесты, предназначенные для обнаружения нескольких генетических мишеней SARS-CoV-2, менее подвержены влиянию генетической изменчивости, чем тесты, предназначенные для обнаружения одной генетической мишени.
При разработке тест-систем в качестве мишени для амплификации и последующего определения фрагмента РНК вируса выбираются специфические участки гена вируса, по которым тест-система его идентифицирует. Обычно таких мишеней от 1 до 3 (некоторые подробности о зарегистрированных в России наборах можно найти на 11-14 страницах этой презентации).
Если у мутанта есть замена или замены в том участке гена, который диагностикум использует в качестве мишени, то сверив эталонную аминокислотную последовательность и мутантный вариант, тест-система может не распознать вирус.
FDA сообщает уже о двух тест-системах, для которых подтверждено частичное диагностическое ускользание британского варианта:
Комбинированный набор TaqPath COVID-19: чувствительность одной из трех мишеней значительно снижается при наличии в образце определенных мутаций, включая одну из мутаций в недавно идентифицированном варианте B.1.1.7 (UK VOC-202012/01).
Набор Linea COVID-19: чувствительность одной из двух мишеней значительно снижается при наличии в образце определенных мутаций, включая одну из мутаций в недавно идентифицированном варианте B.1.1.7 (UK VOC-202012/01).
FDA считает, что поскольку обе тест-системы ориентированы на несколько генетических мишеней, обнаруженное ускользание не должно повлиять на общую чувствительность тест-систем.
Генетические варианты SARS-CoV-2 могут привести к ложноотрицательным результатам молекулярных тестов для обнаружения SARS-CoV-2.
Присутствие генетических вариантов SARS-CoV-2 в образце пациента может потенциально изменить эффективность теста на SARS-CoV-2. Молекулярные тесты, предназначенные для обнаружения нескольких генетических мишеней SARS-CoV-2, менее подвержены влиянию генетической изменчивости, чем тесты, предназначенные для обнаружения одной генетической мишени.
При разработке тест-систем в качестве мишени для амплификации и последующего определения фрагмента РНК вируса выбираются специфические участки гена вируса, по которым тест-система его идентифицирует. Обычно таких мишеней от 1 до 3 (некоторые подробности о зарегистрированных в России наборах можно найти на 11-14 страницах этой презентации).
Если у мутанта есть замена или замены в том участке гена, который диагностикум использует в качестве мишени, то сверив эталонную аминокислотную последовательность и мутантный вариант, тест-система может не распознать вирус.
FDA сообщает уже о двух тест-системах, для которых подтверждено частичное диагностическое ускользание британского варианта:
Комбинированный набор TaqPath COVID-19: чувствительность одной из трех мишеней значительно снижается при наличии в образце определенных мутаций, включая одну из мутаций в недавно идентифицированном варианте B.1.1.7 (UK VOC-202012/01).
Набор Linea COVID-19: чувствительность одной из двух мишеней значительно снижается при наличии в образце определенных мутаций, включая одну из мутаций в недавно идентифицированном варианте B.1.1.7 (UK VOC-202012/01).
FDA считает, что поскольку обе тест-системы ориентированы на несколько генетических мишеней, обнаруженное ускользание не должно повлиять на общую чувствительность тест-систем.