Много чего можно написать о публикации разработчиков Спутника в Ланцете, но мы не будем (может быть позже и коротко), и вот почему: эффективность вакцин первого поколения – вопрос, стремительно теряющий актуальность.
Актуальна вот какая проблема: 11 изолятов, которые были названы в прессе южноафриканским вариантом, таковым не являются. Есть основания считать, что это результат эволюции британского штамма вируса.
Вот параграф из отчета Расследование нового варианта SARS-CoV-2 VOC 202012.01, Технический брифинг 5 от 1 февраля (17 страница):
Обнаружение мутации E484K в B.1.1.7 VOC 202012/01
Датасет COG-UK (общее количество последовательностей 214 159) был проанализирован 26.01.2021. Мутация белка шипа E484K (обнаруживается в VOC 202012/02 B1.351 [южноафриканский вариант] и VOC 202101/02 P1 [бразильский вариант] была обнаружена в 11 последовательностях B1.1.7. Предварительные данные позволяют предположить, что событий приобретения мутации /acquisition event/ было больше одного.
В целом с момента обнаружения E484K независимо в двух разных регионах мира было ясно, что это не случайная замена, распространившаяся благодаря «эффекту основателя» /founder effect/ - а эволюционный путь вируса для обхода иммунитета. Прочтите наш декабрьский лонгрид о мутациях, который мы написали, еще не зная о E484K и об амазонском варианте (честно сказать, писать его мы начали, когда еще и британского с южноафриканским вариантом не было, а были только норки и кластер 5).
Массовое и не зависимое друг от друга возникновение этой ключевой мутации в разных точках земного шара означает, что закрытие границ не обеспечивает защиту от появления штамма с этой мутацией внутри любой популяции – особенно такой, где идет бесконтрольная передача вируса.
Снижение эффективности вакцин в отношении вариантов с заменой E484K в последние недели из предположения превратилось в научный консенсус. Данные об эффективности вакцин первого поколения против штаммов 2020 года (включая вчерашнюю публикацию в Ланцете) безнадежно устарели, и мы не видим ни смысла их обсуждать, ни повода им радоваться.
Ну и несколько цитат по этому поводу:
Джонатан Стоу, руководитель группы в Лаборатории изучения взаимодействий ретровирус-хозяин Института Фрэнсиса Крика:
Мутация E484K идентифицирована у небольшой части вирусов британского варианта. Это говорит о том, что британский вариант теперь самостоятельно приобретает замену E484K. С вирусологической точки зрения появление новых вариантов благодаря мутации в процессе репликации нельзя считать неожиданным. Из опубликованного отчёта, по-видимому, следует сделать вывод, что в условиях очень высокого уровня репликации вируса даже самые строгие меры пограничного контроля, хотя и могут задерживать распространение, вряд ли могут предотвратить появление новых вариантов.
Джулиан Танг, клинический вирусолог, Лестерский университет:
В этом обновленном отчете PHE по Великобритании B.1.1.7 / VOC 202012/01 упоминается приобретение мутации E484K, что является тревожным событием, хотя и не совсем неожиданным.
Мутация E484K уже присутствует в южноафриканских вариантах B.1.351 / 501Y.V2 и бразильских B.1.1.28 / P1 / P2 - и теперь считается основной мутацией, влияющей на эффективность вакцины.
Наша популяция [население Великобритании] может стать плавильным котлом для различных появляющихся вариантов SARS-COV-2/COVID-19, поэтому нам остро необходимо снизить частоту контактов, чтобы уменьшить возможности для распространения/репликации вируса и снизить скорость, с которой эволюционируют различные варианты вируса.
Если мутация E484K будет приобретена большинством вирусов британского штамма B.1.1.7, то результаты недавних исследований, показавшие, что мРНК-вакцины по-прежнему могут обеспечить оптимальную защиту против исходного британского варианта, не будут более соответствовать действительности.
И еще два мнения в следующем посте⬇️
Актуальна вот какая проблема: 11 изолятов, которые были названы в прессе южноафриканским вариантом, таковым не являются. Есть основания считать, что это результат эволюции британского штамма вируса.
Вот параграф из отчета Расследование нового варианта SARS-CoV-2 VOC 202012.01, Технический брифинг 5 от 1 февраля (17 страница):
Обнаружение мутации E484K в B.1.1.7 VOC 202012/01
Датасет COG-UK (общее количество последовательностей 214 159) был проанализирован 26.01.2021. Мутация белка шипа E484K (обнаруживается в VOC 202012/02 B1.351 [южноафриканский вариант] и VOC 202101/02 P1 [бразильский вариант] была обнаружена в 11 последовательностях B1.1.7. Предварительные данные позволяют предположить, что событий приобретения мутации /acquisition event/ было больше одного.
В целом с момента обнаружения E484K независимо в двух разных регионах мира было ясно, что это не случайная замена, распространившаяся благодаря «эффекту основателя» /founder effect/ - а эволюционный путь вируса для обхода иммунитета. Прочтите наш декабрьский лонгрид о мутациях, который мы написали, еще не зная о E484K и об амазонском варианте (честно сказать, писать его мы начали, когда еще и британского с южноафриканским вариантом не было, а были только норки и кластер 5).
Массовое и не зависимое друг от друга возникновение этой ключевой мутации в разных точках земного шара означает, что закрытие границ не обеспечивает защиту от появления штамма с этой мутацией внутри любой популяции – особенно такой, где идет бесконтрольная передача вируса.
Снижение эффективности вакцин в отношении вариантов с заменой E484K в последние недели из предположения превратилось в научный консенсус. Данные об эффективности вакцин первого поколения против штаммов 2020 года (включая вчерашнюю публикацию в Ланцете) безнадежно устарели, и мы не видим ни смысла их обсуждать, ни повода им радоваться.
Ну и несколько цитат по этому поводу:
Джонатан Стоу, руководитель группы в Лаборатории изучения взаимодействий ретровирус-хозяин Института Фрэнсиса Крика:
Мутация E484K идентифицирована у небольшой части вирусов британского варианта. Это говорит о том, что британский вариант теперь самостоятельно приобретает замену E484K. С вирусологической точки зрения появление новых вариантов благодаря мутации в процессе репликации нельзя считать неожиданным. Из опубликованного отчёта, по-видимому, следует сделать вывод, что в условиях очень высокого уровня репликации вируса даже самые строгие меры пограничного контроля, хотя и могут задерживать распространение, вряд ли могут предотвратить появление новых вариантов.
Джулиан Танг, клинический вирусолог, Лестерский университет:
В этом обновленном отчете PHE по Великобритании B.1.1.7 / VOC 202012/01 упоминается приобретение мутации E484K, что является тревожным событием, хотя и не совсем неожиданным.
Мутация E484K уже присутствует в южноафриканских вариантах B.1.351 / 501Y.V2 и бразильских B.1.1.28 / P1 / P2 - и теперь считается основной мутацией, влияющей на эффективность вакцины.
Наша популяция [население Великобритании] может стать плавильным котлом для различных появляющихся вариантов SARS-COV-2/COVID-19, поэтому нам остро необходимо снизить частоту контактов, чтобы уменьшить возможности для распространения/репликации вируса и снизить скорость, с которой эволюционируют различные варианты вируса.
Если мутация E484K будет приобретена большинством вирусов британского штамма B.1.1.7, то результаты недавних исследований, показавшие, что мРНК-вакцины по-прежнему могут обеспечить оптимальную защиту против исходного британского варианта, не будут более соответствовать действительности.
И еще два мнения в следующем посте⬇️