Больше новостей штаммобесия: 2 февраля на виртуальной конференции Нью-Йоркской Академии наук доктор Бетт Корбер из Национальной лаборатории Лос-Аламос в США сообщила о геноме с признаками рекомбинации двух штаммов - хорошо известного британца B.1.1.7 и калифорнийца B.1.429 с мутацией L452R, которая может быть связана с иммунным ускользанием. Вчера о находке написал New Scientist.
Геном был обнаружен в ходе расследования недавнего роста числа случаев ковида в Лос-Анджелесе, которая может быть связана с новым вариантом B.1.429. В доказательство того, что это именно рекомбинант, Корбер представила визуализацию генома химерного вируса как мозаики последовательностей от двух разных линий с разной эволюционной историей. Возникновение такой химеры трудно объяснить чем-то кроме рекомбинации в клетке, заражённой двумя штаммами вируса, считает доктор Корбер - вычислительный биолог, работающая в области разработки вакцин против ВИЧ.
Еще в декабре мы писали, что забывать о рекомбинации SARS-CoV2 только потому, что до сих пор не было её свидетельств, не следует:
Главное, что нужно знать о SARS-CoV2 - этот вирус легко мутирует, поскольку у РНК-содержащих вирусов (коронавирусы, грипп, ВИЧ, Эбола, Зика) отсутствуют или несовершенны механизмы исправления ошибок, произошедших при репликации вирусной РНК. В теории он также способен на рекомбинацию генома (обмен фрагментами генома между разными штаммами/вирусами, приводящий к резкому изменению биологических свойств вируса) — в отличие от MERS-CoV и SARS-CoV свидетельств рекомбинации для SARS-CoV2 пока нет, и это ещё раз подтверждает: ни теоретически, ни на близких системах мы не можем прогнозировать направление эволюции, которое выберет вирус.
Опасен ли калифорнийский рекомбинант? Скорее, наоборот, это хорошая находка - и вот почему: пока что это единственный такой сиквенс в Калифорнии, и похоже он не смог распространиться в популяции. Зато смогли распространиться новости о нем, и мы надеемся, что теперь к сценарию рекомбинации штаммов SARS-CoV2 начнут относиться серьезно - особенно разработчики вакцин и руководители здравоохранения, в умах некоторых из которых коронавирус до сих пор медленно дрейфует в сторону безобидных соплей.
Бетт Корбер предупреждает:
Такое событие [рекомбинация] может позволить более заразному вирусу связаться с более резистентным.
Сергей Понд, профессор биологии из Университета Темпл в Пенсильвании, который занимается поиском рекомбинантов в базе геномов, предупреждает:
Возможно, мы подходим к тому моменту, когда это [события рекомбинации] начинают происходить с заметной частотой. Все коронавирусы рекомбинируют, поэтому это вопрос "когда", а не "если".
Будут ли вакцины первого поколения эффективны против рекомбинантных штаммов, когда те возникнут - как вы думаете?
Геном был обнаружен в ходе расследования недавнего роста числа случаев ковида в Лос-Анджелесе, которая может быть связана с новым вариантом B.1.429. В доказательство того, что это именно рекомбинант, Корбер представила визуализацию генома химерного вируса как мозаики последовательностей от двух разных линий с разной эволюционной историей. Возникновение такой химеры трудно объяснить чем-то кроме рекомбинации в клетке, заражённой двумя штаммами вируса, считает доктор Корбер - вычислительный биолог, работающая в области разработки вакцин против ВИЧ.
Еще в декабре мы писали, что забывать о рекомбинации SARS-CoV2 только потому, что до сих пор не было её свидетельств, не следует:
Главное, что нужно знать о SARS-CoV2 - этот вирус легко мутирует, поскольку у РНК-содержащих вирусов (коронавирусы, грипп, ВИЧ, Эбола, Зика) отсутствуют или несовершенны механизмы исправления ошибок, произошедших при репликации вирусной РНК. В теории он также способен на рекомбинацию генома (обмен фрагментами генома между разными штаммами/вирусами, приводящий к резкому изменению биологических свойств вируса) — в отличие от MERS-CoV и SARS-CoV свидетельств рекомбинации для SARS-CoV2 пока нет, и это ещё раз подтверждает: ни теоретически, ни на близких системах мы не можем прогнозировать направление эволюции, которое выберет вирус.
Опасен ли калифорнийский рекомбинант? Скорее, наоборот, это хорошая находка - и вот почему: пока что это единственный такой сиквенс в Калифорнии, и похоже он не смог распространиться в популяции. Зато смогли распространиться новости о нем, и мы надеемся, что теперь к сценарию рекомбинации штаммов SARS-CoV2 начнут относиться серьезно - особенно разработчики вакцин и руководители здравоохранения, в умах некоторых из которых коронавирус до сих пор медленно дрейфует в сторону безобидных соплей.
Бетт Корбер предупреждает:
Такое событие [рекомбинация] может позволить более заразному вирусу связаться с более резистентным.
Сергей Понд, профессор биологии из Университета Темпл в Пенсильвании, который занимается поиском рекомбинантов в базе геномов, предупреждает:
Возможно, мы подходим к тому моменту, когда это [события рекомбинации] начинают происходить с заметной частотой. Все коронавирусы рекомбинируют, поэтому это вопрос "когда", а не "если".
Будут ли вакцины первого поколения эффективны против рекомбинантных штаммов, когда те возникнут - как вы думаете?