Всего несколько дней отдыха - а сколько навалилось новостей. Будем разгребать.
Сначала штаммобесие: по Калифорнии с прошлого декабря бродят мутанты B.1.427 и B.1.429 (они же CAL.20C и 20C/L452R - не спрашивайте, нормальной единой номенклатуры до сих пор нет), опасность которых пока неясна. Калифорнийский университет в Сан-Франциско секвенировал 2172 генома из образцов вируса, взятых у пациентов в 44 округах Калифорнии в период с 1 сентября 2020 года по 29 января 2021, и утверждает, что вариант злой.
Чарльз Чу из UCSF, руководитель исследования:
Этот вариант вызывает беспокойство, потому что наши данные показывают, что он более заразен, с большей вероятностью связан с тяжелым течением и по крайней мере частично устойчив к нейтрализующим антителам.
21.3% всех сиквенсов - новый вариант (B.1.427 и B.1.429, он же 20C/L452R), за период с сентября по январь его частота в образцах возросла с 0 до 50%. Сравнив клинические данные 324 пациентов из медицинской системы UCSF и проведя необходимые корректировки на возраст, пол, расу и т. д. авторы исследования пришли к выводу, что с мутантом 20С вероятность госпитализации в ОРИТ в 4,8 раза выше, риск смерти более чем в 11 раз выше.
В исследовании также изучалась вирусная нагрузка у зараженных новым вариантом - она в 2 раза выше, чем у ков+ с диким типом вируса. В лаборатории псевдовирус с этой мутацией смог заражать клетки эффективнее, чем дикие штаммы, это подтверждают и данные из 5 калифорнийских домов престарелых: в одном из них возникла вспышка нового варианта, и инфекция распространилась быстрее, чем в 4 других, где источником заражения были старые штаммы вируса.
Ну и конечно мутация L452R - она делает то, от чего многие почти весь прошлый год отмахивались как от невозможного: в экспериментах с псевдовирусами спайк с этой мутацией снизил нейтрализующую способность сывороток переболевших (в 4 раза) и вакцинированных (в 2).
Все эти плохие новости пока еще не вышли даже в препринте - о них пишет Саенс, и было бы здорово, если бы отечественные журналисты взяли эту статью в качестве примера того, как надо писать о ковиде.
Во-первых, в статье есть не только процитированные выше выводы, но и исходные данные: 8 из 61 (13%) госпитализированных пациентов с новыми вариантами попали в ОРИТ в сравнении с 7 из 244 (2,9%) госпитализированных пациентов с диким типом. 7 из 62 человек (11,3%) с вариантами умерли - в контрольной группе с вирусом дикого типа их было 5 из 246 (или 2%).
Во-вторых, тут есть мнения оппонентов команды Чу:
Дейвид О'Коннор, специалист по секвенированию из Университета Висконсина, считает, что по такому маленькому числу исходов выводы делать нельзя - и мы не будем спрашивать, где он с этим ценным замечанием был в конце прошлого года, когда по ничтожно малому числу случаев тяжелого течения и смерти оценивалась эффективность вакцин и принималось решение об их вводе в гражданский оборот.
Второе замечание О'Коннора более резонно: все 7 умерших с новым вариантом умерли в период с 22 декабря по 28 января, когда нагрузка на госпитали была максимальной, так что их смерть может быть связана со снижением доступности помощи.
И хотя другой эксперт, Роберт Скули из Калифорнийского университета в Сан-Диего, косвенно подтверждает выводы работы:
в Южной Калифорнии мы видим больше людей... которые находятся в реанимации более длительное время.
мы согласны, что даже почти в 5 раз больше случаев критического течения можно объяснить тем, что из-за перегрузки пациенты поступают в больницу гораздо позже, чем следует. Нужно больше деталей.
Еще один хорошо знакомый нам эксперт, эпидемиолог Уильям Хэнедж из Гарварда, считает, что одних только данных этой работы недостаточно, чтобы классифицировать B.1.427 и B.1.429 как VoC, варианты, вызывающие озабоченность. Он отмечает, что калифорнийские варианты, вероятно, возникли в июле и июне 2020 года, но число инфекций не росло экспоненциально, как в случае с британцем, южноафриканцем и амазонцем:
Настоящим подтверждением будет если эти варианты, появившись в другом месте, создадут аналогичную [Калифорнии] эпидемическую ситуацию.
Сначала штаммобесие: по Калифорнии с прошлого декабря бродят мутанты B.1.427 и B.1.429 (они же CAL.20C и 20C/L452R - не спрашивайте, нормальной единой номенклатуры до сих пор нет), опасность которых пока неясна. Калифорнийский университет в Сан-Франциско секвенировал 2172 генома из образцов вируса, взятых у пациентов в 44 округах Калифорнии в период с 1 сентября 2020 года по 29 января 2021, и утверждает, что вариант злой.
Чарльз Чу из UCSF, руководитель исследования:
Этот вариант вызывает беспокойство, потому что наши данные показывают, что он более заразен, с большей вероятностью связан с тяжелым течением и по крайней мере частично устойчив к нейтрализующим антителам.
21.3% всех сиквенсов - новый вариант (B.1.427 и B.1.429, он же 20C/L452R), за период с сентября по январь его частота в образцах возросла с 0 до 50%. Сравнив клинические данные 324 пациентов из медицинской системы UCSF и проведя необходимые корректировки на возраст, пол, расу и т. д. авторы исследования пришли к выводу, что с мутантом 20С вероятность госпитализации в ОРИТ в 4,8 раза выше, риск смерти более чем в 11 раз выше.
В исследовании также изучалась вирусная нагрузка у зараженных новым вариантом - она в 2 раза выше, чем у ков+ с диким типом вируса. В лаборатории псевдовирус с этой мутацией смог заражать клетки эффективнее, чем дикие штаммы, это подтверждают и данные из 5 калифорнийских домов престарелых: в одном из них возникла вспышка нового варианта, и инфекция распространилась быстрее, чем в 4 других, где источником заражения были старые штаммы вируса.
Ну и конечно мутация L452R - она делает то, от чего многие почти весь прошлый год отмахивались как от невозможного: в экспериментах с псевдовирусами спайк с этой мутацией снизил нейтрализующую способность сывороток переболевших (в 4 раза) и вакцинированных (в 2).
Все эти плохие новости пока еще не вышли даже в препринте - о них пишет Саенс, и было бы здорово, если бы отечественные журналисты взяли эту статью в качестве примера того, как надо писать о ковиде.
Во-первых, в статье есть не только процитированные выше выводы, но и исходные данные: 8 из 61 (13%) госпитализированных пациентов с новыми вариантами попали в ОРИТ в сравнении с 7 из 244 (2,9%) госпитализированных пациентов с диким типом. 7 из 62 человек (11,3%) с вариантами умерли - в контрольной группе с вирусом дикого типа их было 5 из 246 (или 2%).
Во-вторых, тут есть мнения оппонентов команды Чу:
Дейвид О'Коннор, специалист по секвенированию из Университета Висконсина, считает, что по такому маленькому числу исходов выводы делать нельзя - и мы не будем спрашивать, где он с этим ценным замечанием был в конце прошлого года, когда по ничтожно малому числу случаев тяжелого течения и смерти оценивалась эффективность вакцин и принималось решение об их вводе в гражданский оборот.
Второе замечание О'Коннора более резонно: все 7 умерших с новым вариантом умерли в период с 22 декабря по 28 января, когда нагрузка на госпитали была максимальной, так что их смерть может быть связана со снижением доступности помощи.
И хотя другой эксперт, Роберт Скули из Калифорнийского университета в Сан-Диего, косвенно подтверждает выводы работы:
в Южной Калифорнии мы видим больше людей... которые находятся в реанимации более длительное время.
мы согласны, что даже почти в 5 раз больше случаев критического течения можно объяснить тем, что из-за перегрузки пациенты поступают в больницу гораздо позже, чем следует. Нужно больше деталей.
Еще один хорошо знакомый нам эксперт, эпидемиолог Уильям Хэнедж из Гарварда, считает, что одних только данных этой работы недостаточно, чтобы классифицировать B.1.427 и B.1.429 как VoC, варианты, вызывающие озабоченность. Он отмечает, что калифорнийские варианты, вероятно, возникли в июле и июне 2020 года, но число инфекций не росло экспоненциально, как в случае с британцем, южноафриканцем и амазонцем:
Настоящим подтверждением будет если эти варианты, появившись в другом месте, создадут аналогичную [Калифорнии] эпидемическую ситуацию.