Будьте уверены, Япония обязательно сообщит о том, что она насеквенирует у российских участников и гостей Олимпиады. Именно японцы зимой нашли амазонский вариант у прилетевших из Манауса, и они же в конце мая выявили вариант "дельта плюс"/B.1.617.2.1/AY.1 у 13 альпинистов, вернувшихся после восхождения на Эверест (в апреле в Базовом лагере была вспышка ковида с более 100 пцр+). По состоянию на 15 июня в GISAID было уже 63 генома дельты плюс, в том числе 1 из России (хммм). Первые 5 случаев непальского варианта в Великобритании были обнаружены у вернувшихся из Непала и Турции (хммм).
SARS-CoV2 демонстрирует высочайший уровень аджайла. Вот, например, B.1.617 покрутил-повертел мутацию E484Q, а потом взял и сбросил её за ненадобностью, потому что обнаружилась замена получше - T478K, которая превратила его в тот самый штамм дельта на 30-50% трансмиссивнее британца и вынудила Великобританию, Европу и ВОЗ впервые с февраля пополнить список воков (Variant of Concern, вариант, вызывающий озабоченность).
B.1.617.2, он же VOC-21APR-02 (T19R, 156-158del, L452R, T478K, D614G, P681R, D950N) - пятый в британском списке, после британца B.1.1.7, юарца B.1.351, амазонца P.1 и британца с E484K (помните, был такой очень важный мутант, пример конвергентной эволюции SARS-CoV2, но рассосался).
Мутация L452R ассоциирована с ускользанием от моноклональных антител и от сывороток реконвалесцентов, а также с повышенной аффинностью связывания с рецептором. В феврале вариант B.1.429 с этой мутацией создал серьезные проблемы в Калифорнии, которые, тем не менее, удалось быстро решить локдауном. Мы писали об этом:
Калифорнийский университет в Сан-Франциско секвенировал 2172 генома из образцов вируса, взятых у пациентов в 44 округах Калифорнии в период с 1 сентября 2020 года по 29 января 2021, и утверждает, что вариант злой.
Чарльз Чу из UCSF, руководитель исследования: Этот вариант вызывает беспокойство, потому что наши данные показывают, что он более заразен, с большей вероятностью связан с тяжелым течением и по крайней мере частично устойчив к нейтрализующим антителам.
21.3% всех сиквенсов - новый вариант (B.1.427 и B.1.429, он же 20C/L452R), за период с сентября по январь его частота в образцах возросла с 0 до 50%. Сравнив клинические данные 324 пациентов из медицинской системы UCSF и проведя необходимые корректировки на возраст, пол, расу и т. д. авторы исследования пришли к выводу, что с мутантом 20С вероятность госпитализации в ОРИТ в 4,8 раза выше, риск смерти более чем в 11 раз выше.
В исследовании также изучалась вирусная нагрузка у зараженных новым вариантом - она в 2 раза выше, чем у ков+ с диким типом вируса. В лаборатории псевдовирус с этой мутацией смог заражать клетки эффективнее, чем дикие штаммы, это подтверждают и данные из 5 калифорнийских домов престарелых: в одном из них возникла вспышка нового варианта, и инфекция распространилась быстрее, чем в 4 других, где источником заражения были старые штаммы вируса.
Ну и конечно мутация L452R - она делает то, от чего многие почти весь прошлый год отмахивались как от невозможного: в экспериментах с псевдовирусами спайк с этой мутацией снизил нейтрализующую способность сывороток переболевших (в 4 раза) и вакцинированных (в 2).
Мутация P681R в сайте расщепления фурином, как и P681H, оптимизирует расщепление спайка. Гипотетически такая оптимизация повышает трансмиссивность вируса.
Ну и T478K - в марте, а затем в мае группа из Университета Болоньи публиковала результаты анализа более 1 млн геномных последовательностей SARS-CoV-2, депонированных в GISAID до 27 апреля 2021 года, который позволил выявить новую мутацию T478K в 11435 случаях. T478K появилась в январе 2021 года, встречается преимущественно в Мексике и США, но ученые обнаружили ее также в вариантах из нескольких европейских стран. Исследователи предварительно ассоциировали эту мутацию с ростом трансмиссивности, опираясь на динамику вариантов с T478K в Мексике и США.
Таков наш индус, дельта B.1.617.2. А дельта плюс B.1.617.2.1 - это ванильный B.1.617.2 с двумя дополнительными мутациями, и одна из них всем хорошо знакома⬇️
SARS-CoV2 демонстрирует высочайший уровень аджайла. Вот, например, B.1.617 покрутил-повертел мутацию E484Q, а потом взял и сбросил её за ненадобностью, потому что обнаружилась замена получше - T478K, которая превратила его в тот самый штамм дельта на 30-50% трансмиссивнее британца и вынудила Великобританию, Европу и ВОЗ впервые с февраля пополнить список воков (Variant of Concern, вариант, вызывающий озабоченность).
B.1.617.2, он же VOC-21APR-02 (T19R, 156-158del, L452R, T478K, D614G, P681R, D950N) - пятый в британском списке, после британца B.1.1.7, юарца B.1.351, амазонца P.1 и британца с E484K (помните, был такой очень важный мутант, пример конвергентной эволюции SARS-CoV2, но рассосался).
Мутация L452R ассоциирована с ускользанием от моноклональных антител и от сывороток реконвалесцентов, а также с повышенной аффинностью связывания с рецептором. В феврале вариант B.1.429 с этой мутацией создал серьезные проблемы в Калифорнии, которые, тем не менее, удалось быстро решить локдауном. Мы писали об этом:
Калифорнийский университет в Сан-Франциско секвенировал 2172 генома из образцов вируса, взятых у пациентов в 44 округах Калифорнии в период с 1 сентября 2020 года по 29 января 2021, и утверждает, что вариант злой.
Чарльз Чу из UCSF, руководитель исследования: Этот вариант вызывает беспокойство, потому что наши данные показывают, что он более заразен, с большей вероятностью связан с тяжелым течением и по крайней мере частично устойчив к нейтрализующим антителам.
21.3% всех сиквенсов - новый вариант (B.1.427 и B.1.429, он же 20C/L452R), за период с сентября по январь его частота в образцах возросла с 0 до 50%. Сравнив клинические данные 324 пациентов из медицинской системы UCSF и проведя необходимые корректировки на возраст, пол, расу и т. д. авторы исследования пришли к выводу, что с мутантом 20С вероятность госпитализации в ОРИТ в 4,8 раза выше, риск смерти более чем в 11 раз выше.
В исследовании также изучалась вирусная нагрузка у зараженных новым вариантом - она в 2 раза выше, чем у ков+ с диким типом вируса. В лаборатории псевдовирус с этой мутацией смог заражать клетки эффективнее, чем дикие штаммы, это подтверждают и данные из 5 калифорнийских домов престарелых: в одном из них возникла вспышка нового варианта, и инфекция распространилась быстрее, чем в 4 других, где источником заражения были старые штаммы вируса.
Ну и конечно мутация L452R - она делает то, от чего многие почти весь прошлый год отмахивались как от невозможного: в экспериментах с псевдовирусами спайк с этой мутацией снизил нейтрализующую способность сывороток переболевших (в 4 раза) и вакцинированных (в 2).
Мутация P681R в сайте расщепления фурином, как и P681H, оптимизирует расщепление спайка. Гипотетически такая оптимизация повышает трансмиссивность вируса.
Ну и T478K - в марте, а затем в мае группа из Университета Болоньи публиковала результаты анализа более 1 млн геномных последовательностей SARS-CoV-2, депонированных в GISAID до 27 апреля 2021 года, который позволил выявить новую мутацию T478K в 11435 случаях. T478K появилась в январе 2021 года, встречается преимущественно в Мексике и США, но ученые обнаружили ее также в вариантах из нескольких европейских стран. Исследователи предварительно ассоциировали эту мутацию с ростом трансмиссивности, опираясь на динамику вариантов с T478K в Мексике и США.
Таков наш индус, дельта B.1.617.2. А дельта плюс B.1.617.2.1 - это ванильный B.1.617.2 с двумя дополнительными мутациями, и одна из них всем хорошо знакома⬇️