Между тем в чехословацких событиях церковь тоже играла важную роль. Какую? В период с 1950 по 1968 год деятельность Грекокатолической церкви (униатской) в Чехословакии была запрещена и православные священники заняли униатские приходы. В итоге униаты оказывали сопротивление в разных формах: от простого ухода из церкви при появлении православного священника до проведения литургии без священника.
При «реформаторе» Александре Дубчеке униаты воспряли духом в надежде, что теперь ситуация для них изменится в лучшую сторону. И они не ошиблись.
Чехословацкие «реформаторы» открыли гонения на православную церковь в пользу униатов, за спиной которых стоял Запад. В чехословацкой печати, которая «вырвалась за флажки» (красные знамёна) после отмены цензуры, была развернута кампания с обвинениями в адрес Православной Церкви в Чехословакии. Она обвинялась как главный выгодоприобретатель от упразднения униатской церкви. Начались рейдерские захваты православных храмов, в адрес православных священнослужителей звучали угрозы расправы.