Уже обсудили, почему иногда заключения получаются «пустые».
Теперь два вечных российских вопроса: Кто виноват? Что делать?
Первый опустим. Предположим, что клинические биоинформатики смотрят внимательно, все качественно аннотируют и регулярно обновляют базы данных. В сомнительные места советуем не ходить, а сразу обращаться к специалистам🤓
Что делать? Разберем на примере WES.
Распространённая тактика такая: WES пришел отрицательный - назначаем WGS сразу.
Расскажем про другие возможные варианты.
🔹Доступная опция - повторный анализ данных секвенирования. Чем больше времени прошло между первичным и повторным анализом, тем больше вероятность найти причину болезни. Рекомендуется реанализ каждый год при «пустом» заключении.
🔹Можно обратиться для переанализа в другую лабораторию - разные пайплайны и внутрилабораторные правила иногда приводят к разночтениям.
🤩Лайфхак: Уточните, входит ли в WES интерпретация вариантов во фланкирующих интронных областях и анализ вариаций числа копий генов. Однако помним: для некоторых CNV все еще лучше использовать MLPA, ХМА
🔹Иногда следует переделать WES. Новые поколения зондов создают более равномерный «захват» экзонных областей, при этом менять производителей зондов нет смысла (наша, родная статья). Фокус сработает, если, например, заменить Agilent V4 на Agilent V5, хотя сейчас в ходу уже 8 поколение.
🔹Обратное фенотипирование: NGS стал доступнее и больше пациентов с промежуточными фенотипами и стертой клинической картиной стали попадать в поле зрения врачей. Поэтому иногда стоит присмотреться к некоторым вариантам и провести дополнительные лабораторные и инструментальные исследования. Люди не болеют «по учебнику» и это нормально🥹
🔹Трио-WES помогает искать de novo варианты и сразу выполнить анализ сегрегации. Также в сочетании с глубоким фенотипированием помогает при болезнях со сложным механизмом наследования (например, дигенным) или если у пациента не одна, а сразу две или три патологии.
Надеемся, что вы в трио смотрите не только de novo варианты😈
🔹Нужно быть осторожным при диагностике митохондриальных болезней, немного рассказали об этом выше.
🔹Выбор исследуемой ткани тоже влияет на результат, в том числе при митохондриальных болезнях и состояниях, вызванных постзиготическими мутациями.
👩🏼⚕️Врач-генетик - ваш лучший друг. Если удается поставить диагноз по клинической картине, то можно прицельно изучить гены, варианты в которых приводят к формированию фенотипа (хитрые VUS, небольшие CNV, а также сделать RNA-seq) или перейти к назначению других, не-NGS, методов исследования, актуально для болезней импритинга и экспансий повторов.
Что еще может повлиять на эффективность ДНК-диагностики?
Феномен гонадного и соматического мозаицизма, X-сцепленный характер наследования, вариабельная пенетрантность и экспрессивность😬
Еще возможна ситуация: другие, не генетические, а самые обычные🫠🫠🫠 заболевания и причины для состояния больного.
В общем, оставляем шпаргалочку (см фото). Авторы предлагают использовать для неврологических состояний, но нам кажется, будет полезно для любой группы болезней🐸
PS пост по мотивам статьи ❤️🔥
Теперь два вечных российских вопроса: Кто виноват? Что делать?
Первый опустим. Предположим, что клинические биоинформатики смотрят внимательно, все качественно аннотируют и регулярно обновляют базы данных. В сомнительные места советуем не ходить, а сразу обращаться к специалистам🤓
Что делать? Разберем на примере WES.
Распространённая тактика такая: WES пришел отрицательный - назначаем WGS сразу.
Расскажем про другие возможные варианты.
🔹Доступная опция - повторный анализ данных секвенирования. Чем больше времени прошло между первичным и повторным анализом, тем больше вероятность найти причину болезни. Рекомендуется реанализ каждый год при «пустом» заключении.
🔹Можно обратиться для переанализа в другую лабораторию - разные пайплайны и внутрилабораторные правила иногда приводят к разночтениям.
🤩Лайфхак: Уточните, входит ли в WES интерпретация вариантов во фланкирующих интронных областях и анализ вариаций числа копий генов. Однако помним: для некоторых CNV все еще лучше использовать MLPA, ХМА
🔹Иногда следует переделать WES. Новые поколения зондов создают более равномерный «захват» экзонных областей, при этом менять производителей зондов нет смысла (наша, родная статья). Фокус сработает, если, например, заменить Agilent V4 на Agilent V5, хотя сейчас в ходу уже 8 поколение.
🔹Обратное фенотипирование: NGS стал доступнее и больше пациентов с промежуточными фенотипами и стертой клинической картиной стали попадать в поле зрения врачей. Поэтому иногда стоит присмотреться к некоторым вариантам и провести дополнительные лабораторные и инструментальные исследования. Люди не болеют «по учебнику» и это нормально🥹
🔹Трио-WES помогает искать de novo варианты и сразу выполнить анализ сегрегации. Также в сочетании с глубоким фенотипированием помогает при болезнях со сложным механизмом наследования (например, дигенным) или если у пациента не одна, а сразу две или три патологии.
Надеемся, что вы в трио смотрите не только de novo варианты😈
🔹Нужно быть осторожным при диагностике митохондриальных болезней, немного рассказали об этом выше.
🔹Выбор исследуемой ткани тоже влияет на результат, в том числе при митохондриальных болезнях и состояниях, вызванных постзиготическими мутациями.
👩🏼⚕️Врач-генетик - ваш лучший друг. Если удается поставить диагноз по клинической картине, то можно прицельно изучить гены, варианты в которых приводят к формированию фенотипа (хитрые VUS, небольшие CNV, а также сделать RNA-seq) или перейти к назначению других, не-NGS, методов исследования, актуально для болезней импритинга и экспансий повторов.
Что еще может повлиять на эффективность ДНК-диагностики?
Феномен гонадного и соматического мозаицизма, X-сцепленный характер наследования, вариабельная пенетрантность и экспрессивность😬
Еще возможна ситуация: другие, не генетические, а самые обычные🫠🫠🫠 заболевания и причины для состояния больного.
В общем, оставляем шпаргалочку (см фото). Авторы предлагают использовать для неврологических состояний, но нам кажется, будет полезно для любой группы болезней🐸
PS пост по мотивам статьи ❤️🔥