🤯Назначили WES или WGS, а пришло пустое заключение?
Значит ли это, что генетическое заболевание исключено?
🫣Методом NGS можно подтвердить, но нельзя исключить наследственное заболевание.
Все дело в ограничениях метода NGS, а также в требованиях, которые предъявляют профессиональные сообщества к составлению заключений
Обсудим особенности, о которых важно помнить при назначении данного исследования (но, конечно, всегда лучше узнать протокол конкретной лаборатории, есть много нюансов)
🔸Структурные вариации генома*
*Это же относится к возможностям метода при прицельном анализе и использовании специальных инструментов
Несмотря на значительные успехи, NGS все еще не референс для делеции, дупликаций и более сложных перестроек
🔸Экспансия тандемных повторов
Из-за технологии коротких ридов прочитанный участок с повторами как бы «дробится», полученные «кусочки» могут выравниваться на один и тот же участок. При экспансии повторов может вырасти лишь покрытие - косвенный, но не надежный признак увеличения их копийности
🔸Наличие псевдогенов - сходных с геном участков ДНК, которые утратили способность кодировать белок (иногда эта способность утрачивается неполностью)
Ген и его псевдоген выравниваются на один и тот же участок референсной ДНК, отличить их друг от друга невозможно. Яркий пример - гены SMN1 и псевдоген SMN2
🔸Метилирование
Метилирование не меняет последовательность ДНК, а следовательно нельзя прочитать язык метилирования привычными нам WES и WGS
🔸Интронные и межгенные варианты
Их можно увидеть, но не всегда можно понять ©️ Ограничения обусловлены малой изученностью и небольшим количеством полезных инструментов
🔸Варианты в центромерных и теломерных областях
Метод коротких ридов не позволяет заглянуть в эти глубины нашего генома, так как они состоят из повторов
🔸Еще не все гены открыты и изучены
Поэтому иногда интерпретатор просто не может собрать необходимые доказательства каузативности варианта. Иногда очень хочется вынести вариант в малоизученном гене, Gene of uncertain significance, но лучше действовать осторожно: большинство подобных вариантов так и не станут вероятно патогенными или патогенными. Подробнее в этом препринте
Можно ли решить эти проблемы? Обсудим в следующей публикации
Значит ли это, что генетическое заболевание исключено?
🫣Методом NGS можно подтвердить, но нельзя исключить наследственное заболевание.
Все дело в ограничениях метода NGS, а также в требованиях, которые предъявляют профессиональные сообщества к составлению заключений
Обсудим особенности, о которых важно помнить при назначении данного исследования (но, конечно, всегда лучше узнать протокол конкретной лаборатории, есть много нюансов)
🔸Структурные вариации генома*
*Это же относится к возможностям метода при прицельном анализе и использовании специальных инструментов
Несмотря на значительные успехи, NGS все еще не референс для делеции, дупликаций и более сложных перестроек
🔸Экспансия тандемных повторов
Из-за технологии коротких ридов прочитанный участок с повторами как бы «дробится», полученные «кусочки» могут выравниваться на один и тот же участок. При экспансии повторов может вырасти лишь покрытие - косвенный, но не надежный признак увеличения их копийности
🔸Наличие псевдогенов - сходных с геном участков ДНК, которые утратили способность кодировать белок (иногда эта способность утрачивается неполностью)
Ген и его псевдоген выравниваются на один и тот же участок референсной ДНК, отличить их друг от друга невозможно. Яркий пример - гены SMN1 и псевдоген SMN2
🔸Метилирование
Метилирование не меняет последовательность ДНК, а следовательно нельзя прочитать язык метилирования привычными нам WES и WGS
🔸Интронные и межгенные варианты
Их можно увидеть, но не всегда можно понять ©️ Ограничения обусловлены малой изученностью и небольшим количеством полезных инструментов
🔸Варианты в центромерных и теломерных областях
Метод коротких ридов не позволяет заглянуть в эти глубины нашего генома, так как они состоят из повторов
🔸Еще не все гены открыты и изучены
Поэтому иногда интерпретатор просто не может собрать необходимые доказательства каузативности варианта. Иногда очень хочется вынести вариант в малоизученном гене, Gene of uncertain significance, но лучше действовать осторожно: большинство подобных вариантов так и не станут вероятно патогенными или патогенными. Подробнее в этом препринте
Можно ли решить эти проблемы? Обсудим в следующей публикации