Как повысить эффективность молекулярной диагностики наследственных заболеваний?
Разберем, что может помочь в обходе ограничений, которые разбирались ранее🤓
Простое правило:
Фото в превью из статьи, можно почитать подробнее, а потом найти ошибку у авторов: cost-effective явно не панельное секвенирование😇
▪️Соматические мутации - необходимо более глубокое покрытие, так как соматических мутаций в биоматериале мало. Выбираем NGS панели. С ростом покрытия (то, сколько раз был прочитан данный участок ДНК) растет вероятность «поймать» интересующий вариант. Очень важен выбор биоматериала - необходимо брать именно пораженный участок ткани
▪️Митохондриальная ДНК - обычно она отлично анализируется методом WGS или отдельно секвенированием мтДНК, однако феномен внутритканевой и межтканевой гетероплазмии также накладывает некоторые ограничения (выбрана не та ткань, низкое покрытие при WGS), необходим дифференцированный подход и анализ нескольких тканей
▪️В большинстве случаев выбор должен падать на WES, эффективность данного исследования не сильно уступает WGS (лишь на 1%) важно понимать, что полноэкзомное секвенирование в разы эффективнее панелей. По цене и скорости выполнения близко к панелям. Это крайне важно в клинической практике - сделать качественно, быстро и по доступной цене
▪️Подозрение на наличие делеции/дупликации/транслокации - WGS (хорошо определяет границы разрыва)
▪️Также при подозрении на делеции/дупликации можно назначить хромосомный микроматричный анализ, но здесь эффективность зависит от его разрешения
▪️Подозрение на определенное заболевание, в диагностике которого имеются проблемы из-за псевдогенов - проведение таргетной диагностики
▪️Экспансия повторов - таргетная диагностика методом фрагментного анализа
▪️ Анализ метилирования - метилчувствительная ПЦР или бисульфитное секвенирование
▪️Отдельно оговоримся, хоть причина в псевдогене:
Спинальная мышечная атрофия 5q - MLPA.
Никогда не назначайте NGS при подозрении на это заболевание, некоторые лаборатории обещают диагноз по WGS, но как-то страшно такое проверять, когда на счету каждый час, а метод не признан референсным по понятным причинам
При использовании NGS в большинстве случаев поиск причины заболевания требует проведения дополнительных исследований:
🔹анализ сегрегации варианта в семье (минимум - в формате трио)
🔹специфические лабораторные и инструментальные исследования
🔹проведение функционального анализа для доказательства патогенности варианта
🔹поиск пациентов с таким же генетическим вариантом для доказательства его косегрегации с заболеванием
Друзья, если остались вопросы - пишите в комментариях, разберем их в отдельных публикациях ✍️
Будем очень рады обратной связи!
Разберем, что может помочь в обходе ограничений, которые разбирались ранее🤓
Простое правило:
Метод исследования зависит от цели и предполагаемого диагноза
Фото в превью из статьи, можно почитать подробнее, а потом найти ошибку у авторов: cost-effective явно не панельное секвенирование😇
▪️Соматические мутации - необходимо более глубокое покрытие, так как соматических мутаций в биоматериале мало. Выбираем NGS панели. С ростом покрытия (то, сколько раз был прочитан данный участок ДНК) растет вероятность «поймать» интересующий вариант. Очень важен выбор биоматериала - необходимо брать именно пораженный участок ткани
▪️Митохондриальная ДНК - обычно она отлично анализируется методом WGS или отдельно секвенированием мтДНК, однако феномен внутритканевой и межтканевой гетероплазмии также накладывает некоторые ограничения (выбрана не та ткань, низкое покрытие при WGS), необходим дифференцированный подход и анализ нескольких тканей
▪️В большинстве случаев выбор должен падать на WES, эффективность данного исследования не сильно уступает WGS (лишь на 1%) важно понимать, что полноэкзомное секвенирование в разы эффективнее панелей. По цене и скорости выполнения близко к панелям. Это крайне важно в клинической практике - сделать качественно, быстро и по доступной цене
▪️Подозрение на наличие делеции/дупликации/транслокации - WGS (хорошо определяет границы разрыва)
▪️Также при подозрении на делеции/дупликации можно назначить хромосомный микроматричный анализ, но здесь эффективность зависит от его разрешения
▪️Подозрение на определенное заболевание, в диагностике которого имеются проблемы из-за псевдогенов - проведение таргетной диагностики
▪️Экспансия повторов - таргетная диагностика методом фрагментного анализа
▪️ Анализ метилирования - метилчувствительная ПЦР или бисульфитное секвенирование
▪️Отдельно оговоримся, хоть причина в псевдогене:
Спинальная мышечная атрофия 5q - MLPA.
Никогда не назначайте NGS при подозрении на это заболевание, некоторые лаборатории обещают диагноз по WGS, но как-то страшно такое проверять, когда на счету каждый час, а метод не признан референсным по понятным причинам
При использовании NGS в большинстве случаев поиск причины заболевания требует проведения дополнительных исследований:
🔹анализ сегрегации варианта в семье (минимум - в формате трио)
🔹специфические лабораторные и инструментальные исследования
🔹проведение функционального анализа для доказательства патогенности варианта
🔹поиск пациентов с таким же генетическим вариантом для доказательства его косегрегации с заболеванием
Друзья, если остались вопросы - пишите в комментариях, разберем их в отдельных публикациях ✍️
Будем очень рады обратной связи!