Пересечение поисков
В прошлый раз мы рассказали про то, что в OdanChem существует история поисков, и она удобна тем, что там можно отслеживать статус поиска, открыть ранее начатую работу, увидеть статистику сколько молекул/спектров/публикаций удалось найти в каждом из ваших поисков. И также напомним, что чтобы попасть в свою историю поиска, надо нажать на своё имя в правом верхнем углу, после этого — синяя кнопка Search History внизу экрана посередине. Либо вот прямая ссылка.
В этот раз мы хотим показать один очень важный инструмент — пересечение поисков. Он позволяет заметно снизить количество результатов в выдаче, оставив только те, которые соответствуют нескольким запросам. Покажем на примере разбора реальной реакционной смеси.
Как-то в лаборатории мы хотели получить бета-нитростирол из п-фторбензальдегида и нитрометана (картинка 1). Запустили реакцию, зарегистрировали спектр с реакционной смеси. Скриншот со спектра — рисунок 2. Видно, что это какая-то именно что смесь. Нужного нитростирола там явно нет: не видно характерных дублетов с большой константой. Понятно, что есть оставшийся альдегид, но что там еще? Конечно, опытный синтетик, глядя на этот спектр, может его разгадать. Но в случае, если опыта еще недостаточно, или нет времени глубоко вникать в данную реакцию (а это синтез исходников: что тут думать, тут варить надо:)), может прийти на помощь анализ в OdanChem. В данном случае синтез выполняла студентка, которая не так давно на тот момент присоединилась к лаборатории, и большого опыта самостоятельного расшифровывания состава смесей у неё ещё не было.
Для разгадки мы взяли порядка сотни миллиграмм смеси, зарегистрировали ¹Н ЯМР, ¹⁹F ЯМР и ¹³С ЯМР с неё. Углеродный спектр выглядит как-то так (рисунок 3). Человек такое вряд ли разгадает. Далее разметили эти спектры в MestReNova (отметили все сигналы).
Следующий этап — выполнить поиск по спектру. Просто открываем три вкладки в браузере, идем на страницу поиска, копируем строку каждого спектра, сгенерированную MestReNova (интенсивности в случае протонных спектров можно игнорировать — важно отметить все пики). Выполняем три независимых поиска по спектру. После чего открываем историю поиска и смотрим, что там нашлось.
Результаты показаны на рисунке 4. Видно, что углеродный спектр лучше всего подходит для автоматизированного поиска — всего 202 молекулы, которые могут входить в состав данной смеси. При этом поиск по фторному и протонному спектрам дал тысячи или десятки тысяч результатов. Почему так, описывал ранее. А теперь выбираем галочками фторный и углеродный поиски и нажимаем на Intersection by Compound (Рисунок 5). Результат — на рисунке 6.
Всего 4 молекулы соответствуют и фторному, и углеродному спектрам. Одна из них явно не соответствует нашему результату, так как фосфора в реакционной системе не было. А три оставшихся явно присутствуют в нашей реакционной смеси. Вот так в несколько кликов можно разобрать состав не самой тривиальной реакционки. Кстати, данный результат пересечения тоже появится в вашей истории поиска. Его при желании можно пересечь ещё с чем-то.
Пересечения доступны для всех типов поисков, появляющихся в истории. Например, можно пересекать поиск по фрагменту структуры с поиском по спектру. Или результат пересечения с чем-то ещё. В общем, инструмент очень гибкий, мощный, и позволяет ощутимо сузить количество результатов относительно исходного запроса.
В комментариях приглашаем ждем ваш опыт работы с этим или другими инструментами)
В прошлый раз мы рассказали про то, что в OdanChem существует история поисков, и она удобна тем, что там можно отслеживать статус поиска, открыть ранее начатую работу, увидеть статистику сколько молекул/спектров/публикаций удалось найти в каждом из ваших поисков. И также напомним, что чтобы попасть в свою историю поиска, надо нажать на своё имя в правом верхнем углу, после этого — синяя кнопка Search History внизу экрана посередине. Либо вот прямая ссылка.
В этот раз мы хотим показать один очень важный инструмент — пересечение поисков. Он позволяет заметно снизить количество результатов в выдаче, оставив только те, которые соответствуют нескольким запросам. Покажем на примере разбора реальной реакционной смеси.
Как-то в лаборатории мы хотели получить бета-нитростирол из п-фторбензальдегида и нитрометана (картинка 1). Запустили реакцию, зарегистрировали спектр с реакционной смеси. Скриншот со спектра — рисунок 2. Видно, что это какая-то именно что смесь. Нужного нитростирола там явно нет: не видно характерных дублетов с большой константой. Понятно, что есть оставшийся альдегид, но что там еще? Конечно, опытный синтетик, глядя на этот спектр, может его разгадать. Но в случае, если опыта еще недостаточно, или нет времени глубоко вникать в данную реакцию (а это синтез исходников: что тут думать, тут варить надо:)), может прийти на помощь анализ в OdanChem. В данном случае синтез выполняла студентка, которая не так давно на тот момент присоединилась к лаборатории, и большого опыта самостоятельного расшифровывания состава смесей у неё ещё не было.
Для разгадки мы взяли порядка сотни миллиграмм смеси, зарегистрировали ¹Н ЯМР, ¹⁹F ЯМР и ¹³С ЯМР с неё. Углеродный спектр выглядит как-то так (рисунок 3). Человек такое вряд ли разгадает. Далее разметили эти спектры в MestReNova (отметили все сигналы).
Следующий этап — выполнить поиск по спектру. Просто открываем три вкладки в браузере, идем на страницу поиска, копируем строку каждого спектра, сгенерированную MestReNova (интенсивности в случае протонных спектров можно игнорировать — важно отметить все пики). Выполняем три независимых поиска по спектру. После чего открываем историю поиска и смотрим, что там нашлось.
Результаты показаны на рисунке 4. Видно, что углеродный спектр лучше всего подходит для автоматизированного поиска — всего 202 молекулы, которые могут входить в состав данной смеси. При этом поиск по фторному и протонному спектрам дал тысячи или десятки тысяч результатов. Почему так, описывал ранее. А теперь выбираем галочками фторный и углеродный поиски и нажимаем на Intersection by Compound (Рисунок 5). Результат — на рисунке 6.
Всего 4 молекулы соответствуют и фторному, и углеродному спектрам. Одна из них явно не соответствует нашему результату, так как фосфора в реакционной системе не было. А три оставшихся явно присутствуют в нашей реакционной смеси. Вот так в несколько кликов можно разобрать состав не самой тривиальной реакционки. Кстати, данный результат пересечения тоже появится в вашей истории поиска. Его при желании можно пересечь ещё с чем-то.
Пересечения доступны для всех типов поисков, появляющихся в истории. Например, можно пересекать поиск по фрагменту структуры с поиском по спектру. Или результат пересечения с чем-то ещё. В общем, инструмент очень гибкий, мощный, и позволяет ощутимо сузить количество результатов относительно исходного запроса.
В комментариях приглашаем ждем ваш опыт работы с этим или другими инструментами)