И сразу же в публичном поле начались разговоры о том, признают ли теперь сам Telegram экстремистской организацией с последующим запретом в РФ.

Но, по оценке юристов, пока речи об этом не идёт.
Предъявленное обвинение руководителю компании не влечёт автоматического запрета сервиса.

Чтобы признать Telegram экстремистской организацией, прокуратуре нужно отдельно доказать, что сама организация целенаправленно ведёт экстремистскую деятельность — организационно, финансово.
Ну, и судебное решение тоже нужно.

В любом случае простым пользователям пока опасаться нечего.
Официально Telegram не запрещён.