Может ли массовая публикация 500-1000 статей за несколько дней ухудшить индексацию сайта, даже если каждая статья уникальна?

Да, ухудшение именно в плане индексации новых статей. Со старыми в индексе которые я думаю ничего не будет.

Особенно на молодом или небольшом сайте. Наиболее вероятный сценарий: Google увидит резкий рост числа URL, но не станет быстро обходить и индексировать их все. Часть страниц попадет в "Обнаружена, сейчас не проиндексирована" или будет переобходиться редко.

Может быть ты уже замечал, особенно когда генережка, быстрый залив кучи одинаковых страниц на новом сайте просто как-будто затыкает его на очень долгое время.