Вычислительные методы в биокатализе в основном сосредоточены на инженерии каталитических матриц, тогда как поиск наиболее реакционноспособных субстратов для конкретного катализатора остается значительно менее представленным направлением. Количественно воспроизводя экспериментально наблюдаемый барьер активации, подход на основе ab initio метадинамики и анализа топологии электронной плотности молекулы формирует теоретическую основу для быстрого прогнозирования каталитически активных субстратов в обширных химических библиотеках. Обычная стратегия прямого стохастического анализа библиотек субстратов требует значительных вычислительных и временных ресурсов. Сотрудники ГНЦ ИБХ РАН совместно с коллегами разработали вычислительный протокол Subdate, который реализует стратегию предварительной кластеризации соединений в библиотеке на основе ключевых параметров электронной плотности в критических точках катализируемых связей, что позволяет эффективно исследовать библиотеки соединений и концентрировать вычислительные ресурсы на наиболее перспективных группах молекул. Работа опубликована в журнале Proceedings of the National Academy of Sciences.
https://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.2535430123?url_ver=Z39.88-2003&rfr_id=ori%3Arid%3Acrossref.org&rfr_dat=cr_pub++0pubmed