Разбирал закладки и понял, что так и не запостил эту статью, хотя она вышла почти год назад. Исправляюсь. Это статья в JCIM о том, как честно сравнивать ML-модели в drug discovery.
Practically Significant Method Comparison Protocols for Machine Learning in Small Molecule Drug Discovery🔥
https://doi.org/10.1021/acs.jcim.5c01609
Почти все авторы из индустрии: J&J, Novartis, Bayer, Merck, Pfizer, AstraZeneca, Recursion и т.д. Последний автор Pat Walters теперь Chief Scientist в OpenADMET, так что эти правила, скорее всего, дойдут и до открытых бенчмарков.
Practically Significant Method Comparison Protocols for Machine Learning in Small Molecule Drug Discovery🔥
https://doi.org/10.1021/acs.jcim.5c01609
This paper proposes a set of guidelines to incentivize rigorous and domain-appropriate techniques for method comparison tailored to small molecule property modeling. These guidelines, accompanied by annotated examples using open-source software tools, lay a foundation for robust ML benchmarking and thus the development of more impactful methods.
Почти все авторы из индустрии: J&J, Novartis, Bayer, Merck, Pfizer, AstraZeneca, Recursion и т.д. Последний автор Pat Walters теперь Chief Scientist в OpenADMET, так что эти правила, скорее всего, дойдут и до открытых бенчмарков.