Первую ошибку нашли быстро. Действительно, стоит подавать на EN второго транслятора 3V3, вместо 3V3_STDBY. В этом случае транслятор будет в высокоимпедансном состоянии, и незапитанная EEPROM не сможет перетянуть шину в 0. Также в комментариях правильно заметили, что некоторые EEPROM нет защитных диодов на питание (тк SMBus явно запрещает это), однако достаточно микросхем, в которых они есть.

Вторая же ошибка более комплексная. Выделил область, в которой она расположена. Для большей ясности в качестве транслятора предлагаю выбрать TCA9517A. Ответ на вопрос что же не так в схеме, есть в его даташите.