Самый главный недостаток — хороший результат трудно воспроизвести. Оригинальное вино, получившееся у винодела-энтузиаста один раз, может не получиться в другой. На крупном заводе винодельческий процесс все же более стандартизирован, поэтому повторяемость результатов намного выше.
Многие, хотя и не все, гаражные вина имеют низкий потенциал хранения. Проще говоря, они не подходят для многолетней выдержки, их надо выпивать сравнительно молодыми. В качестве экземпляров роскошной, рассчитанной на долгие годы хранения коллекции они не подходят — естественно, серьезные коллекционеры считают это значимым недостатком.