Бурный рост научного сектора шел на фоне предпринятого большевиками важного структурного действия, которое предопределило развитие отечественной науки на десятилетия вперед, — отделения науки от вузовского сектора. Исследователи называют по меньшей мере два фактора, которые способствовали оформлению науки в виде самостоятельного (не преподавательского!) академического сектора.
Первый фактор — политический... Ученым, не близким большевикам по своим политическим воззрениям, пока можно было дать возможность заниматься наукой, но тогда их следовало отстранить от педагогического процесса. Это противоречие разрешалось только за счет обеспечения автономии вузовского (образовательного) и академического (научного) секторов.
Второй фактор — экономический... преподаватели и научные сотрудники... были заинтересованы в открытии новых организационных структур... Ведь под структуру, созданную вовне, юридически независимую от вуза, можно было получить новое финансирование.

В итоге сложилась модель научно-исследовательского института (НИИ), которая обладала рядом характерных черт. Это автономия НИИ от вузовского сектора... Такая модель предполагала реализацию крупномасштабных коллективных проектов со сведением роли индивидуальных инноваций к минимуму. Модель, которая начала складываться во второй половине 1920-х годов, просуществовала весь советский период и сильно повлияла на действующую и по сей день модель научных институтов.

В середине 1930-х годов прошла волна закрытия НИИ, решавших параллельные задачи, будучи под юрисдикцией разных наркоматов... Институты закрывались, объединялись, реорганизовывались таким образом, чтобы определенный сектор задач закреплялся за одним учреждением. Подавление конкуренции крайне негативно отразилось на развитии науки в стране в долгосрочной перспективе.

Научные институты были объединены в единую структуру — Академию наук СССР... превратившись в одну из самых мощных и влиятельных профессиональных бюрократий советской системы.

Наука в вузах носила второстепенный, подчиненный характер... И все эти десятилетия вынужденного развода система высшего образования мучилась «фантомными болями», ощущая недостаток науки и пытаясь тем или иным способом его восполнить.

При слабой координации между курирующими агентствами (министерствами) координация и кооперация между отдельными научными институтами тоже была слабой. Каждый НИИ представлял собой, по сути, локальную монополию в определенном сегменте исследований и разработок. Приводила такая монополизация к низкой эффективности и высоким затратам.

К началу 1980-х годов в системе высшего образования уже были очевидны симптомы начинающегося кризиса. С одной стороны... число студентов продолжало расти, вузы готовили все больше специалистов... С другой стороны, недофинансирование вузов приобретало системный характер.

А сами выпускники инженерных вузов тех лет впоследствии отмечали как недостатки перегруженность программы «идеологической» составляющей, большое количество предметов и излишний крен в сторону теории.