ученый вариант

Знаете, а ведь мы почти никогда не выносим гомозиготы в заключение!

Найти то, что выглядит как гомозигота, и быть уверенным в генотипе, не так-то просто по данным NGS. Реальные гомозиготы — это идентичные варианты на обеих копиях гена. То есть один из них находится на хромосоме от матери, а второй — на хромосоме от отца. В таком случае в 100% прочтений мы (и алгоритм) будем видеть вариант. Обозначаться такой генотип будет 1/1.

Но 100% прочтений с вариантом мы увидим и в случае, если копия гена всего одна. Такие варианты называются гемизиготными. И при стандартном коллинге такой генотип будет обозначен... 1/1🤡.

Гемизиготным вариант может быть в двух случаях:
⚫️Второй копии гена не существует, потому что ген расположен на половой хромосоме у мужчины (помним про исключения, связанные с PAR).
⚫️Вторая копия гена утрачена частично или полностью из-за делеции.

То есть гомозиготы и гемизиготы на аутосомах могут выглядеть совершенно одинаково по данным NGS! Поэтому мы обычно выносим такие варианты с долей сомнений: гомо- или гемизигота.

Когда можно быть уверенным в гомозиготе:
➕Надежно. Выполняется анализ трио — NGS либо Сэнгер. Если мы видим, что родители гетерозиготны по обнаруженному варианту, то значит у пробанда гомозиготный вариант.
➕Смело, но можно. Рядом с вариантом мы видим признаки отсутствия делеции — отсутствуют заметные перепады покрытия, а соседние гетерозиготные варианты поддерживают наличие двух копий региона. Это жирный намек на гомозиготу. Но надо быть особенно осторожными на экзомном секвенировании (потому что небольшую делецию поймать не просто) и со "сложными" регионами (потому что данные прочтений обманчивы).

Когда можно быть уверенным в гемизиготе:
➕Надежно. Мы видим у пробанда не только вариант, но и делецию, затрагивающую эту область.
➕Тем более надежно. При анализе трио NGS мы видим гетерозиготный вариант только у одного из родителей, а делецию — у второго родителя и пробанда.


🥰А теперь поделимся примером, почему иногда терминология становится крайне важной.

Представьте ситуацию. Врач подозревает наследственное заболевание у пациента, в лаборатории находят причину и выносят в заключение: "известный патогенный вариант в гомозиготном состоянии". Сэнгер подтверждает вариант у пробанда, у отца он обнаруживается в гетерозиготном состоянии, а у матери отсутствует. Хорошо, что не наоборот, а то можно было предположить ложное отцовство и учинился бы скандал😓 Результаты начинают противоречить друг другу: может варианта у пробанда нет? или может он все-таки гетерозиготный? Однозначного ответа нет, и поиски причины заболевания ставятся на паузу. И только через десяток лет, уже после секвенирования полного генома выясняется, что все полученные результаты были корректны. Просто найденный вариант гемизиготный, а делеция, унаследованная от матери, была упущена из-за ограничений метода.

Редкое стечение обстоятельств, да. Но к сожалению, история собирательная, из нескольких случаев из нашей практики. Иногда данные просто не позволяют нам знать наверняка, что именно мы видим. Поэтому всякие осторожные "гомо-/гемизиготный" в заключениях — важное напоминание об ограничениях метода. И повод не отбрасывать находку совсем, если результаты подтверждения внезапно не сошлись.

Псевдоген уже не псевдо…

Помните, мы вам рассказывали, что псевдогены не всегда являются нефункциональными копиями своих прародителей?
Не так давно вышло очередное разоблачение "псевдогена" SSPOP. Исследовали показали, что с этого гена экспрессируется функциональный белок SCO-спондин, играющий важную роль в формировании спинного мозга во время эмбриогенеза. Более того, уже было описано 4 пациента из трех неродственных семей с биаллельными вариантами в гене SSPOP и нарушением развития нервной системы.

Подробнее можно почитать в оригинальном исследовании
(полный текст ищите в комментариях к посту⬇️)

#молбиол_ученый_вариант | @variant_scientist

Уже читали заявление ACMG о VUSах?

Американский колледж медицинской генетики и геномики (ACMG) опубликовал обновленные рекомендации по представлению в заключениях вариантов с неопределенным клиническим значением (VUS), выявляемых при генетическом тестировании герминальных вариантов.

В документе мало принципиально новых подходов, все они уже реализуются в современных лабораториях. Но теперь есть на что сослаться при возникновении вопросов.

Ключевые моменты осветили в карточке, а подробнее читать тут: Mighton C. et al. Points to consider for the reporting of variants of uncertain significance in germline genetic and genomic testing: A statement of the American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG). 2026.

#рекомендации_ученый_вариант | @variant_scientist

рабочий понедельник

OMIM — пожалуй самый важный ресурс для любого генетика. Это онлайн-база данных, содержащая информацию о генах и ~8 тысячах генетических заболеваний человека.

UPD: доступ к OMIM из России снова работает — теперь нужно только подтвердить, что вы не робот.

Генетики используют разные базы данных фенотипов и ресурсы для качественной помощи пациентам. Делимся подборкой таких баз!

Важное уточнение: некоторые эти ресурсы могут быть недоступны, зависит от провайдера сети интернет.

Все ссылки на базы ведут на одно и то же заболевание — синдром Марфана, чтобы вы сразу могли оценить как выглядит типичное описание фенотипа

📎Orphanet
Один из главных ресурсов по редким заболеваниям. И довольно клинико-ориентирован: есть код по МКБ, ссылки на важные клинические рекомендации, диагностические критерии.

📎GeneReviews
Экспертные обзоры по заболеваниям. Создан для клиницистов, и каждая статья содержит много полезного о диагностике, выборе генетических тестов и консультировании. Он лучше OMIMа во всем, кроме одного — количества курируемых заболеваний, их чуть меньше 900🥹

📎MedGen
База данных, которая собирает и систематизирует информацию из различных баз, в том числе из OMIM и GeneReviews.

📎ClinGen
Ключевой ресурс современной клинической геномики и интерпретации данных NGS. Собирает информацию о генах и заболеваниях, а еще оценивает силу доказательств связи между ними.

📎Monarch Initiative
Платформа использует онтологический подход и объединяет данные о генах, фенотипах и заболеваниях. Больше будет полезно для анализа данных, чем для клинической практики, но тем не менее на странице заболевания можно найти основные симптомы и частоту их проявлений.

📎Human Phenotype Ontology (HPO)
Описывает симптомы заболеваний в стандартизированных терминах. Для каждого приведен источник — Orphanet, OMIM или научная публикация. Опять же, ресурс довольно важен для биоинформатиков, но и для врача найдется полезное.

📎Генокарта
Ресурс на русском языке, который можно порекомендовать пациентам и их семьям. А еще он будет довольно полезен для обучения и знакомства с заболеваниями, например студентам или врачам не из области генетики.


Надеемся, эти ресурсы помогут вам в решении профессиональных задач✨

#подборка_ученый_вариант | @variant_scientist

Как-то мы уже делились нашей инфографикой с основными типами генных вариантов. А теперь показываем самые важные регионы гена для сплайсинга мРНК. Варианты, потенциально влияющие на сплайсинг, обозначены согласно аннотатору VEP. Однако помните, что любой по типу вариант в теории может нарушить сплайсинг, просто для некоторых вероятность выше.

Распечатывайте эту схему и спина голова болеть не будет!

#молбиол_ученый_вариант | @variant_scientist