В 33-х парсеках от Земли


Гео и язык канала: Россия, Русский
Категория: Блоги


Brilliant Violet ⚛️ Channel с заметками о стране репликонов и интеркалирующими фотографиями в режиме реального времени.

Связанные каналы  |  Похожие каналы

Гео и язык канала
Россия, Русский
Категория
Блоги
Статистика
Фильтр публикаций


Репост из: АДовый рисёрч
#воскресный_импорт


Репост из: Борис Пашинский
#original_meme
Original meme though, mb I will make them enough and do a meme channel in UW too


50/50
⬇️


Репост из: Ekaterina_Yurch
Теперь ту самую муху можно попросить выбрать дело, когда сам не уверен 😄

Тыкать сюда:
https://dontdoit.tech

От разработчиков: Как выбирает муха

В вашем браузере запускается симуляция полной схемы нервной системы самца дрозофилы MaleCNS v1.0: 166 700 нейронов и 25 млн сохранённых связей.

Каждое дело получает движущуюся метку. В каждом раунде две метки находятся слева и справа. Мы подаём равные сигналы нейронам LC10a, связанным с отслеживанием цели, и считаем импульсы двигательных нейронов DNa02. Побеждает сторона, к которой муха повернула. Если сигналы равны, раунд повторяется; без различимого сигнала результата нет


Если бы в биологии использовался ИЮПАК, то обсуждение биохимии - скажем, запись цикла Кребса - звучало бы, как в ракуго (японских рассказах, исполняемых в театрах) "Дзюгэму", в котором дети прибегают к родителям друга:

Ваш сын

Дзюгэму Дзюгэму
Гоко:-но сурикирэ
Кайдзярисуйгё-но
Суйгё:мацу Унраймацу Фу:раймацу
Ку:нэрутокоро-ни сумутокоро
Ябурако:дзи-но ябуко:дзи
Пайпопайпо Пайпо-но Сю:ринган
Сю:ринган-но Гу:риндай
Гу:риндай-но Помпокопи:-но Помпокона:-но
Тё:кю:мэй-но тё:суку

Упал в колодец!

#nihon


Репост из: Докторские байки
Вся очистка - в таблице

При очистке белков обычно ведут таблицу очистки, которая позволяет оценить эффективность каждого этапа по выходу, чистоте и степени обогащения целевого белка. К сожалению, во многих дипломных работах и даже диссертациях, где описана очистка белков, такие таблицы не приводятся.

Какие параметры указывают в таблице очистки ферментов или белков с измеряемой биологической активностью:

Объем раствора.
Общий белок. Его можно определить колориметрическими методами: Лоури, Брэдфорд, BCA-assay. Определение концентрации по A280 на начальных этапах очистки нецелесообразно, поскольку присутствует слишком много мешающих компонентов.
Общая активность. Для ферментов активность измеряют в единицах активности. Для некоторых ферментов можно сразу определить и количество активного белка. Например, для трипсина можно провести титрование активного центра и установить зависимость между активностью и количеством трипсина.
Если белок обладает измеряемой биологической активностью, ее выражают в биологических единицах активности, основанных на функциональном тесте (EC50, IC50, биологическая активность, нейтрализующая активность).
Удельная активность. Это самый важный показатель степени очистки фермента. Рассчитывается как отношение общей активности к общему количеству белка. Чем выше удельная активность, тем чище препарат.
Выход, %. Показывает, какая доля целевого белка сохранилась после данного этапа очистки. Рассчитывается как отношение общей активности на данном этапе к общей активности исходного лизата.
Степень очистки. Показывает, во сколько раз увеличилась удельная активность по сравнению с исходным материалом.

Таблицу очистки проще строить, если белок обладает какой-либо биологической активностью. Но если белок не является ферментом и не проявляет измеримую активность, классическая колонка «удельная активность» уже теряет смысл. В этом случае вместо параметров активности используют показатели чистоты.

Самый простой и распространенный способ определения чистоты — денситометрия SDS-PAGE гелей (в Bio-Rad Image Lab это делается очень просто). Также можно использовать капиллярный электрофорез или ВЭЖХ (HPLC).

Таблица очистки является аналогом баланса материального потока в химической технологии. Такая таблица позволяет оценивать эффективность отдельных стадий и всего протокола в целом, выявлять узкие места, сравнивать различные протоколы и оценивать воспроизводимость методики.

Энжойте и чистите белочки эффективно и воспроизводимо!


Репост из: Сфероиды и ствижженое
Видео недоступно для предпросмотра
Смотреть в Telegram
#microscopy

Мало нам геномики, протеомики, липидомики и прочих - подьехала митохондриомика!

Авторы статьи взяли терабайты 4D (3D + время) изображений митохондрий в клетках, обработанных разными веществами, и обучили на этом нейросетку MitoSpace. Она предсказывает функциональные особенности митохондрий из их внешнего вида.
Красиво видно, кстати, все разнообразие их форм и размеров

Потыкать можно на их сайте mitospace.ai
Код на гитхаб, модель на хаггингфейс.

PS. Митохондрии, в норме, это червячки! Биологи и медики, от студентов до директоров, хронически не узнают их на картинках. Думают, что митохондрия выглядит как пухлая булочка из классических учебников.


Отправляю драфт письма редактору в телегу коллеге, чтобы сверить текст. Телеграм:
(простите, снова шутки за 300)
#lablife


Продолжаем рубрику #FAQs_про_FACS с ответами на вопросы и описанием мелких особенностей работы - в основном про BD FACSAria III.
Сегодня столкнулась с тем, что при оптимизации drop delay частицы в основном и боковом потоках не дают в сумме 100%. Причина чаще в неправильной настройке боковых струй (которые надо настраивать через test sort), но сегодня она оказалась довольно забавной: основной поток был хорошо виден, но оказался не в идеальном фокусе камеры, которая снимает струи, и из-за этого не все боковые капли были видны. После подкрутки фокуса все стало идеально. Так что надо иметь в виду, что прибор снимает все струи, но обсчитывает для drop delay только то, что попадает в окошко.

#flowwithglow


Вставлю свои 5 рублей в сразговор про Виленскую, Страдариум и популяризаторство. Это хорошо изложено в этой статье. Почитала три мнения: вот, вот, вот и вот.
Я не могу ничего сказать о ее личности, этом курсе и платформе в целом, но выскажу свои #фиолетовые_мюсли о набившем оскомину наболевшем: о популяризаторах, популизаторах и пульверизаторах.
Виленскую критикуют за грубые ошибки в образовательном курсе на образовательной платформе, которая позиционирует себя как сурьезная образовательная платформа и предлагает лекции от специалистов. Лектор сама признала ошибки, и это хорошо, конечно, но сделала это так, как будто это не продаваемый продукт, а домашнее задание в школе: она же старалась! А поскольку с консультантом делиться не хочется, то его не было - и не будет, и что вышло, то вышло. И потом будет так же выходить. Если у вас вопросики, вы там досолите бесплатно поправьте. Это очень не похоже на признание ошибок, за что ее хвалили. И очень нехорошая стратегия для образовательной, а не развлекательной платформы.
Мне кажется неприемлемым не быть готовым отвечать за качество продаваемого образовательного продукта, не держать минимальную планку, не отдавать на рецензию и исправлять ошибки только бесплатно по заявкам. Если сравнивать курсы с минимально работающими первыми версиями софта, то минимальный курс - это курс поверхностный, но выверенный (и глубина появится в последующих версиях или курсах), а не специализированный курс, который будет уточняться после того, как продан и прослушан неспециалистом. После чего автор потом пойдет радостно делать новый наполнитель курс, а слушатель - выносить из лоточка курса на лапках песочек знания. Осознанно подавать яичницу из яиц из неизвестного источника с непроверенным режимом хранения, которая, если не повезет, может вызвать отравление, - уровень, который можно ожидать от придорожного кафе, но не ресторана. К кафе претензий немного, ибо осознанно рисковал, а к ресторану, очевидно, будут, особенно если он будет продолжать себя позиционировать как ресторан и выкладывать в хвастограмы фото яичницы и анонсы новых каш и винегретов.
Популяризатор - как повар, который подает знание вкусным и легкоусвояемым. Пользы может быть немного, и это нормально; однако нельзя информацию отравлять, выдавая мнение за факт или не делая системно фактчекинг, не обращаясь за помощью, если квалификации для того, чтобы заведомо не испортить блюдо, недостаточно. Экспериментальное блюдо должно называться/характеризоваться в меню так, чтобы это было очевидным: покупая курс "я объясню, как я научилась отличать Бабеля от кабеля Хиндемита от Стравинского", я ожидаю именно мнения интересующего меня автора, поэтому претензий к ошибкам особенно и не будет.
Критика, которую я увидела, разная. Есть конструктивная; но действительно были те, кто переходили на личности и на оценку образования и прочих характеристик барышни, - и они очень неправы, потому что только лишь оправдывают игнорирование нормальных доводов, позволяют обозвать ученых бесполезными завистливыми хейтерами и пожалеть бедную девочку. Не все специалисты хотят и умеют хорошо и популярно рассказывать, и это не значит, что они тогда должны молчать в тряпочку, если им принесли на оценку чье-то творчество. Достаточно того, что они создают и сохраняют материал (если создают), который потом будет кем-то рассказан. Как правило, хорошие ученые (да и в целом любые специалисты) самодостаточны, потому что их первоочередная задача - сделать дело и показать его коллегам, которые потом будут развивать. Те, кто не хотят преподавать или популяризовывать, будут указывать на косяки, если увидят, не из зависти - и тогда чаще будут делать конструктивно (если будут). Это популяризаторы не самодостаточны, поскольку нуждаются в тех, кто будет это знание создавать и кто будет их слушать. У всех своя ниша - поэтому сравнивать ценность абстрактного ученого и популяризатора не очень корректно; а если и сравнивать, то только в сфере образования и без крайних случаев вроде некоторых ученых, работающих в стол, и просветительниц, рассказывающих сказки о пряничном зефирном тесте и Гензеле с Гретель. И честно говоря, мне кажется, что ценность популяризаторов как тех, кто заинтересует ЦА, например, наукой, несколько преувеличена. Подозреваю, что факты из учебника или список открытий знаменитых ученых сыграли гораздо большую роль, чем лекции или книги а-ля "Чем мы думаем вместо мозга".


Посмотрела сайт престижного журнала из предыдущего поста, чтобы знать, куда меня будет приглашать Мэрилин Козак или Мэрион Брэдфорд. Ладно еще non-traditional topics, но я боюсь представить, о чем тогда numerous other non-traditional topics.


Когда спам не от кого-нибудь, а от Розалинд Франклин! 😁


Конкурс на лучшую подпись.

Один из вариантов: "Тест на выживание".

#мемовакцинация


Вы думали, у админа были летние каникулы? Наоборот, была летняя страдная пора (seeding, treating, and harvesting).




Гносиенна 1 Сати - наверное, самая летняя ночная музыка. Хочется показать два необычных исполнения: терменвокс в исполнении правнука Термена и китайская версия (аудио ниже).


Репост из: Докторские байки
Завтрак с Сигмой


Репост из: Короче, нашла
Короче, в этот четверг вам нужно знать, что у Бристольского университета есть сайт "Молекула месяца". В мае главными молекулами назначены асфальтены!
#короче_наука


Scientific reports на стыке физики и лирики истории: как работает измерение температуры воды для заваривания чая с помощью чайных фигурок из керамики цзыша.

#pubmed_энд_жизнь


Тупиковая ветвь кулинарии
#pubmed_энд_жизнь

Показано 20 последних публикаций.