ATHANOR


Гео и язык канала: Россия, Русский
Категория: Блоги


Атанор — это огромная печь, в которой алхимик проводил свои опыты в поисках философского камня.
Я тоже, в своём роде, алхимик: люблю химию и философию. Здесь, в моем атаноре, я буду проводить опыты с моими мыслями.
Время собирать философские камни...

Связанные каналы

Гео и язык канала
Россия, Русский
Категория
Блоги
Статистика
Фильтр публикаций



241 0 18 1 31

Ложился спать, открыл твиттер, почитал и не могу уснуть… OpenAI опубликовала разом 722 манускрипта 🫪 с решениями 722 открытых математических задач, которые выполнила их (пока ещё) закрытая модель, каждое за ~3 часа. Что ж, ждем грозных писем от Теренса Тао и десятков филдсовских/абелевских лауреатов. Но их не жалко, они свою жизнь пожили, жалко того бедного неназванного аспиранта, который, возможно, последние три года сидел и корпел над решением одной из этих задач и вот-вот готовился опубликовать статью, которая уже никому не нужна, как и его занятия фундаментальной математикой «по старинке». Ожидаю резкий спад интереса к поступлению в магистратуры/аспирантуры на матфаки по всему миру, пока светлые головы не переизобретут математический post-graduate и не сформулируют: «что такое занятия математикой в эпоху ИИ?». А что химики? За химиками тоже «придут», обязательно придут, «но потом».

811 1 66 9 19

Plot twist уровня «Божество». Как институт Церковь/Умма/(нужное добавить), пожалуй, единственная, кто заинтересована в сохранении (не всегда бескорыстно) статус кво человека, как «человека в традиционном понимании», а не как придатка ИИ. Хотя, конечно, «что такое человек в традиционном понимании?» тоже хороший кантовский вопрос… не суть) Поэтому у довольно секулярной части современного общества в виде деятелей культуры (в особенности авангардных, либеральных и прогрессивных) появляется неожиданный защитник в виде Папы Римского. Такие дела. Пора перечитать «Великого инквизитора» и далеко не понятно, кто предстанет им сейчас, но я склоняюсь к тому, что бигтехи.



431 0 5 10 38



Мои просьбы в комментах на ютубе под интервью Осетинской* с Дороничевым и Костиковой материализуются и, видимо, скоро выйдет интервью с Алексом! // *признана иностранным агентом МинЮстом РФ


Так-с, доклад прочитан! ⬆️ Большое спасибо организаторам в лице Алексея Александровича Лагунина и Антона Смирнова из РНИМУ! Был рад увидеть много знакомых и заинтересованных лиц! Уровень вопросов — мое почтение 🎩! Прям будто снова прошел rebuttal на ICML, только в устной форме)




⭐️Читаю доклад!⭐️

Если вы как и я (внезапно) в Москве и хотите узнать чем я/мы занимаемся последние год-полтора в науке, то приходите в эту пятницу в 17-00 в Пироговку, он же второй мед. Почти год назад я уже выступал на этой замечательной площадке, но рассказывал совсем про другое, скорее, про наши наработки 2020-2023гг. А в этот раз буду вещать про самое "горячее" — бенчмаркинг 📊 ИИ-моделей в дизайне лекарств в общем и про бенчмаркинг больших языковых моделей в частности. Заодно расскажу как мы сами обучаем модели-специалисты для драг дизайна 💊 и делаем это в каких-то задачах лучше всех в мире (пока). Регистрация для людей не из Пироговки доступна до 21-00 сего дня. Будет чуть-чуть Гегеля (простите) и много ретросинтеза (не простите). Приходите, надеюсь, что-то интересное для себя вынесите.


А на небе только и разговоров, что о Навье и Стоксе. Очень интересная (неделя?) впереди… Скандалы, интриги, расследования. Но, черт возьми, это красиво.


Да, с защитой мытарства диссертанта не заканчиваются... 🫠 Но, вот, теперь, спустя 9,5! месяцев после решения совета, уже точно и окончательно можно произнести сакральное: «Добби свободен!». Спасибо всем, кто причастен к этому 🙏🏻

520 0 6 11 73

Как я провел это лето ☀️🥵

...но летом мы не только страдали от жары и болели, думы думали, но и РАБотали! И вообще-то много полезного сделали:

1️⃣Во-первых, мы опубликовали наконец-то наш замечательный бенчмарк URSA (Utilitarian RetroSynthesis Assessment) по многостадийному ретросинтезу. По большому счёту это первый в мире бенчмарк, который позволяет оценивать синтетические схемы, мимикрируя под то, как это делает профессиональный химик, в то время как все бенчмарки, которые были раньше, к самой химии имели очень опосредованное отношение. Бенчмарк был крайне позитивно воспринят в сообществе и мы получили отклики от всех ведущих научных групп по автоматизированному ретросинтезу, включая Marwin Segler из Microsoft (спойлер: их RetroChimera победила в бенчмарке🥇), с которым мы даже отдельно созвонились по этому поводу, Samuel Genheden из AstraZeneca (спойлер: их AiZynthFinder получил серебро🥈), и Philippe Schwaller из EPFL. Отдельная радость заключается в том, что это была первая наша совместная научная работа с глубокоуважаемым Антоном Моргуновым и совместный рабочий процесс над препринтом был крайне плодотворным. Среди авторов препринта, кстати, целых 4 гражданина Казахстана 🇰🇿, правда, вряд ли там это исследование кто-то заметил, селяви... Код бенчмарка можно дергать отсюда и проверять им схемы на контрольных по орге.

2️⃣Во-вторых, мы подготовили препринт про нашу новую самую мощную модель для одностадийного ретросинтеза. Архитектура модели — LFM. Сама модель скоро появится на маркетплейсе Microsoft, а пока там же лежит чуть более слабая модель, но всё равно близкая к SOTA уровню.

3️⃣В-третьих, мы запустили сайт бенчмарков для LLM (и не только) в области drug discovery. Поэтому если вас интересует то, как самые последние модели Claude или GPT работают в области медицинской химии и создания лекарств — welcome🙏. За домен по химическому синтезу, как обычно, отвечает отдел вашего покорного слуги🫡.

4️⃣Ну, и, наконец, мы с коллегой приняли экзамен по «Cтруктурной биоинформатике и дизайну лекарств» у первокурсников магистратуры ФББ. В летнюю сессию я оказался «добрым полицейским», потому что ставил в основном “4” и “5”, хоть и затянулось это все на 6 часов... А, вот, зимой я на двойки не скупился! Тем временем стойкие оловянные магистранты-пионеры второго курса, успешно окончили магистратуру, чему я очень рад и о чем писал тут глубокоуважаемый Арсений Зинкевич.

Вот, как-то так и провелось это лето. Not great. not terrible.


Наконец-то вспомнил о чём так хотел написать, но в силу череды обстоятельств совершенно забыл.

Я совсем не консерватор в отношении химического образования и считаю, что большую часть программы химического факультета нужно как можно скорее обновлять, чтобы она хотя бы чуть-чуть была приближена к тому, чем занимается передовая наука... на мой взгляд довольно прискорбно, что в эпоху ИИ в ведущем вузе до сих пор нет хотя бы семестрового обязательного курса по хемоинформатике, а текущего курса ХОБП катастрофически недостаточно, чтобы поддерживать даже застольную дискуссию на современные актуальные темы молекулярной биологии и биохимии. А что-то (очень многое) наоборот нужно выкинуть из программы, как «морально устаревшее».

И вот, внезапно, факультет, видимо, желая сделать "как лучше", отменяет вступительный экзамен по философии в аспирантуру... Как говорится, «не туда воюете». В то время когда frontier AI labs типа Anthropic и OpenAI вовсю нанимают философов в штат, да и, в целом, роль философии актуализируется как никогда ранее. Но даже вне текущего контекста — для молодого ученого совершенно необходимо иметь хотя бы базовое представление об эпистемологии, методологии, логики и онтологии для того, чтобы он мог осознанно вести самостоятельные исследования, а не тупо следовать инструкциям научного руководителя.

Я уверен, что у этого решения факультета есть понятные конъюнктурные причины, связанные с набором, но в стратегической перспективе — это провал. Мне скажут: «но в самой аспирантуре ведь остается кандминимум по истории и философии науки». Отвечу, что, во-первых, кандминимум — это не фильтр, его хоть сколько можно пересдавать и я не знаю ни одного человека, который был бы отчислен из аспирантуры из-за этого экзамена, а экзамен в саму аспирантуру — это фильтр и один-два балла могут быть критичными для поступления. Во-вторых, отсутствие вступительного по философии приводит к тому, что "интерес" к предмету во время специалитета падает и предмет из главной гуманитарной дисциплины в учебной программе превращается в очередной проходной курс типа РЯКР. В сухом остатке аспиранты будут меньше понимать, что они делают, зачем и какое место их исследования в общей картине мира. Prove me wrong.

В общем, как обычно: "плачет Гераклит, смеется Демокрит".

426 0 6 23 20

Сначала они пришли за Виленской — я молчал, потому что не знал, что она не оканчивала консерваторию.
Когда они придут за Якутенко — я молчать не буду, потому что знаю, что она не оканчивала аспирантуру и индекс Хирша у нее 2.

Когда они придут за мной — они пожмут мне руку, потому что я скажу им, что "научпоп — это зло".

UPD: Когда они пришли за Панчиным — я молчал, потому что ел попкорн, наблюдая за тем как Labrats пришли за ним.


«Чудны дела твои, Господи»

День рождения этого богоспасаемого канала заставляет выйти меня из некоего небытия, хотя писать сегодня буду все-таки не про того философа, у которого сегодня тоже памятная дата, хотя, я настаиваю на том что, очень многое об искусственном интеллекте — это про Гегеля, но сегодня не о нем.

Я никогда не любил лето — самое бестолковое время года. Жара, как по мне, не способствует ни отдыху, ни труду, ни otium-у — сплошное томление духа. Более-менее мне по душе дождливо-прохладное московское лето, а, вообще, я фанат золотой осени и снежной зимы: идеальное времяпрепровождение — это пробираться сквозь заваленные снегом улицы Замоскворечья, время от времени отогреваясь за очередной чашкой американо и слушая добротный подкаст по истории или философии.

Но это лето было особенно невыносимым, ибо эта первая попытка провести более-менее полноценное лето в Эмиратах довела меня сначала до квази-депрессивного состояния, а потом и до больницы. «Не ходите дети в Африку гулять». Но было кое-что ещё, что делало это лето особенным: окончательное осознание того, что «оно существует». После чего пришло это осознание? Надеюсь, будет повод рассказать как-нибудь. Лежать на койке под капельницей — всё равно, что лежать в «картезианской печи», ибо можно «много думать» в отрыве от практически любого внешнего контекста, и, как ни странно, вполне в картезианском духе, а тут еще как ни кстати пересмотренные «Матрицы» и перечитанные «Темные теории» Хаустова в 8-часовом перелете Москва-Абу-Даби…

...крепко ухватившись за своё cogito, Декарт разделил мир на «мыслящее» и «протяженное», на субъекты и объекты, заложив основы базовой топики Модерна. Единственное, что оправдывало Человека в его «особом» существовании или существовании вообще, было его исключительное право на «мышление». Ловкий трюк старика Картезии был гениален и прост по форме и по сути: определить исключительность существования Человека через его (как ему тогда казалось) исключительный атрибут — «мышление». Люди так или иначе мыслят, вот, дескать, они и существуют как субъекты. Животные же — суть, немыслящие биологические автоматы и потому как субъекты не существуют. Короче говоря, всё просто. Не бином Ньютона.

И всё работало относительно складно почти три с половиной века, а на промежуточные успехи в теории и практике ИИ, типа матча Каспарова с Deep Blue, люди смотрели, держа фигу в кармане под названием «ну, вот ЭТО ИИ точно никогда не сможет сделать». Слово ЭТО можно заменить рядом довольно значительных вех, которые, как те самые крепости, которые берут большевики, пали под натиском развивающегося ИИ. И, мне кажется, ворота крепости «мышления» уже вовсю трещат, ибо их вовсю таранят «рассуждающие большие языковые модели», которым мы люди-человеки делегируем огромную часть своего мышления. Поэтому, если исходить из картезианской топики, то как раз «ИИ мыслит, следовательно ИИ существует», а мы, делегирующие мышление ИИ, теряем свою субъектность и экзистенцию в каждый акт делегирования мышления и накопления когнитивного долга. И хотя я всё ещё большой скептик в отношении рассуждающих моделей, а скорее в нашей (не)способности к определению и квантификации «reasoning» и «intelligence», факт мне очевиден: мы не знаем, как это происходит, что такое "мышление", не знаем природу эмерджентности intelligence, как и не знаем, что оно такое «intelligence», но «оно работает». Как же так?

А вот оно так, порой, и бывает, когда инженерная задача решается сильно раньше создания научной теории. Паровые машины запустили индустриальную революцию задолго до ключевых работ Карно и Джоуля. Порох изобрели и использовали за многие столетия до того, когда его состав был записан привычными нам формулами. Так и с ИИ — «оно работает», хотя мы и не знаем «как», пока. И вся картезианская топика разрушается на глазах, и мы подобно Диогену перед Платоном трясем ощипанной лихо рассуждающей ллмкой перед надменной физиономией давно почившего француза и восклицаем: «вот он — декартовский субъект!». Либо не разрушается, но переворачивается на 180 градусов и тогда нам, Homo sapiens sapiens, достается роль таких же биологических автоматов и объектов, каких видел Декарт в «братьях наших меньших», а истинные мышление и субъектность доступны теперь лишь кремниевому субстрату, который мы ранее по малограмотности объективизировали. «Чудны дела твои, Господи» — но это уже не мы пишем про машины, а они про нас в своем Thinking.

P.S.
Выйдя из больницы, узнал, что коллега, который тоже долго не был на рабочем месте, подхватил лихорадку денге в Эмиратах. Так что, это я ещё легко отделался.

P.P.S.
"Скоро осень, всё изменится в округе".


Шалость 🤗 удалась 📜
или снова о Гегеле
🦉

Казалось бы, что может быть общего между статьей на ICML и Гегелем? Обращайтесь, автор этого канала всегда найдёт что-то общее. Но, кроме шуток, все алгоритмы, создание которых я инициировал в Insilico, так или иначе, соотносятся с гегелевским принципом: “Все действительное – разумно, все разумное – действительно”. Не исключение и функция оценки химической правдоподобности ChemCensor, вокруг которой строится наша статья на ICML. Поэтому дабы отдать дань уважения Философу, соответствующая сентенция была процитирована в main text, а его пристальный взгляд следит за читателем с Figure #2. В общем, считаю, что наша гегельянская шалость удалась. Спасибо Никите за дизайн и купленный на стоке портрет Гегеля)

🅿️💵 Ну, а чтобы упрочить наши гегельянские намерения, в Сеул, где с 6 по 11 июля будет непосредственно проходить ICML 2026, будет отправлен целый Иван Ильин – почти полный тёзка самого известного русского гегельянца, дабы представить нашу статью. Совпадение? Не думаю.


Наши ⚔️Тулон, Бородино и Ватерлоо ⚔️
Сказ про то, как
нашу статью на ICML-2026 приняли.

Представляете каково одновременно чувствовать себя Наполеонами при Тулоне, Кутузовыми при Бородино и Веллингтонами при Ватерлоо? А нам и представлять не надо)
Вообще, затея отправить статью на престижную A* конференцию по машинному обучению, где первый автор (ваш покорный слуга) не обучал собственноручно ни одной модели за всю свою жизнь, казалась мне, мягко говоря, авантюрной. Но попробовать хотелось, ибо такой ачивки 🔠у меня ещё не было. Тем более, у нас на руках был уже неплохой прототип, а именно детерминистическая функция ChemCensor для оценки химических реакций на предмет их “химической правдоподобности”, о которой я писал ранее. Дело оставалось за малым: прикрутить какой-то ML и проверить наше “клюкало” в боевых условиях, а именно на ICML 2026.

Наш ретросинтетический абу-дабский отдел дружно с коллегами-млщиками из канадского офиса спаял к дедлайну в конце января 42-страничный манускрипт. По совпадению? первый автор руководил написанием статьи, закидываясь попеременно американо и чаем с чабрецом из своего штаба в Рихтере на Пятницкой 42. Генеральное сражение, оно же rebuttal, ожидалось в марте...

"И всё на наш редут": увидев оценки, которые нам поставили ревьюеры, нам оставалось только прослезиться: 4,3,2,3. Последний раз подобную вселенскую несправедливость я ощущал на коллоквиуме по коллоидной химии, когда меня, отлично, как мне казалось, подготовившегося, преподаватель спросила: “Богдан, а вы книжки вообще читаете?”. В общем, сражались мы яростно: “звучал булат, картечь визжала”, исписав все доступные нам по лимиту символы в ответе рецензентам и сдав Москву код, датасет и веса модели. В итоге, один ревьюер сказал, что повысит оценку с 3 до 4, но по факту, так и не повысил, а второй, наоборот, втихаря повысил с 2 до 3 🤷‍♂️.

Со средним баллом 3,25 оставалось мало надежды, но мы ждали положительного решения мета-ревьюера, как Веллингтон ждал Блюхера при Ватерлоо. И 30 апреля наш Блюхер вышел из леса мета-ревьюер вынес вердикт, что ChemCensor, наше богоспасаемое клюкало, достойно быть принято на конференцию, ибо
existing retrosynthesis benchmark scoring based on top-K has significant deficiencies,

а мы этому existing безобразию впервые предложили рабочую альтернативу. В общем, как-то так выразился наш Тулон — наша первая попытка пробиться на A* конференцию и сразу успешная, чему мы безмерно рады.

Итоговая, уже 84-страничная (42*2 😜), версия статьи доступна тут, код ChemCensor для бенчмаркинга можно юзать отсюда, вот вам ещё обучающий сет, а страничка статьи на сайте ICML здесь.

Итого, надеюсь, что теперь ChemCensor уж точно будут использовать в качестве нового стандарта для оценки “правдоподобности” реакций и ретросинтетических моделей, а валидация на ICML даёт нашему клюкалу больше, простите за мой французский, кредибильности.


Ну, и вишенка на торте: за всей этой красотой стоит русская женщина, блестящий химик-органик, медицинский химик, доктор Елена Сергеевна Колтун, окончившая в 1994 году (чуть ли не первый выпуск вуза) известный в наших кругах Высший Химический Колледж Российской Академии Наук, он же ВХК РАН. На самом деле, Елена Сергеевна, известна не только как создатель целой линейки макроциклических RAS-ингибиторов, находящихся в клинике (elironrasib, daraxonrasib, zoldonrasib), но и тем, что участвовала в создании препарата cobimetinib. Поверьте, число живых химиков, которые имели прямое отношение к химической разработке сразу 4 лекарств, ограничено сверху 2-3 десятками. Так что, возможно, Елена Сергеевна — самый успешный медицинский химик постсоветского/российского происхождения ever. Ну, и в ряду выдающихся американских химиков-эмигрантов из России достойнейшее пополнение! Вот такой подарок всем нам на День Химика 2026!

P.S. Если вы не нашли Елену Сергеевну в списке авторов статьи NEJM про результаты клинических испытаний дараксорасиба в метастатическом раке поджелудочной железы — не расстраивайтесь, увы, такова практика. Но в главных для медицинского химика публикациях: Drug Annotation в J Med Chem и рамочном патенте всё на своих местах)


RAS и его мутанты давно считались трудными undruggable мишенями, “Святым Граалем” медицинской химии. Много копий сломалось о задачу создания RAS-ингибиторов, пока Amgen не смогла создать соторасиб, ингибитор G12C мутанта kRAS, и не вывела его на рынок в 2021 году. Казалось бы, задача решена. Медицинские химики качественно сделали свою работу, но, увы, биология снова оказалась сложнее. Как писал глава отдела медицинской химии Arvinas Keith Hornberberger в своем аккаунте X:

This isn’t as cut-and-dry as it might seem. Consider RAS: an undruggable “holy grail” oncology target. Finally pharma made progress with the KRAS-G12C inhibitors and landed marketed drugs — but a closer look says that the clinical response was not holy grail-like.


Клинические результаты были хорошими, но не впечатляющими. Этого было достаточно, чтобы китайцы наклепали кучу структурных аналогов соторасиба, но недостаточно, чтобы верить в kRAS/RAS дальше. Нужно было сделать что-то принципиально новое, непохожее на худо-бедно работающий соторасиб. И, вот, на мой взгляд, именно за это стоит уважать и благодарить Revolution Medicine — они решили разрабатывать принципиально новый хемотип, синтетически и химически очень сложный, вызывающий эстетический восторг и трепет у любого практикующего медицинского химика. Ну, нельзя не заметить такую кракозябру (см. картинку), которая показывает здоровую фигу правилам Липински. И у них получилось! Получился тот самый “маленький шаг” в терапии рака поджелудочной железы, но “огромный скачок” в медицинской химии и в химии RAS-ингибиторов. В общем-то я уверен, что успех дараксонрасиба — это не конец, а реальная надежда на настоящую революцию в терапии рака поджелудочной и источник вдохновения для нынешних и будущих медицинских химиков делать сложную и красивую “химию”, и овации на прошедшей намедни конференции онкологов ACSO 2026 во многом про эту надежду.


Революция, которой (пока) не случилось,
Или с прошедшим Днём химика
🧪!

Я, конечно, немного опоздал, но, как говорится, better late than never. 31 мая, в День Химика, который, вроде как, отмечается только на постсоветском пространстве, в святая-святых New England Journal of Medicine вышла статья про результаты третьей фазы клинических испытаний RASolute 302 препарата дараксонрасиб (Daraxonrasib) в раке поджелудочной железы, который считается до сих пор одним из самых летальных, коварных и сложных. На самом деле результаты были известны уже ранее, а именно в пресс-релизе компании с говорящим названием Revolution Medicine, создавшей препарат, от 13 апреля сего года, но в рецензируемом издании результаты опубликованы впервые только в воскресенье.

Результаты на первый взгляд действительно впечатляющие: медиана общей выживаемости при приеме дараксонрасиба составила 13.2 месяца против 6.7 месяцев у классической химиотерапии. Новый препарат также отсрочит на прогрессию заболевания на 3.6 месяцев — и что это значит: опухоли нужно будет больше времени, что стать резистентной к терапии. А что будет после того, как опухоль перестанет отвечать на дараксонрасиб? Это вопрос, увы, риторический и это первый момент: новый препарат не излечивает от рака поджелудочной. Сравните с тем, как изменил иматиниб терапию хронического миелоидного лейкоза — “две большие разницы”.

Второй момент: если посмотреть на другое клиническое испытание NAPOLI 3, где исследовали химиотерапию NALIRIFOX в первой линии терапии, то там медиана общей выживаемости составила 11.1 месяцев. Согласитесь, не такая и большая разница, если сравнивать с 13.2 месяцами у дараксонрасиба во второй линии. Среди пациентов в RASolute 302 NALIRIFOX практически не использовался ни в первой линии (всего 1.6%), ни в группе химиотерапии (3.2%). То есть новое исследование почти не отвечает на вопрос:

Какой эффект будет оказывать дараксонрасиб у пациентов, которые уже получили современную интенсивную первую линию NALIRIFOX?

Так что, ждём результаты КИ RASolute 303 с дараксонрасибом в первой линии терапии...

Третье: побочные эффекты. Мало кто догадывается, что за безобидным на первый взгляд словом rush (ну, сыпь и сыпь) может скрываться вот такое (не смотреть слабонервным). С другой стороны, когда речь идёт о борьбе со смертельным заболеванием, люди зачастую готовы терпеть многие страдания.

Затмевает ли все вышесказанное успех нового препарата? Отчасти, только отчасти. В онкологии часто бывает так, что “на безрыбье и рак —рыба” (да простится мне каламбур, если кто его здесь увидел), и появление нового препарата, вполне эффективного, таргетирующего новую мишень (RAS и его мутанты), которую ещё в этом десятилетии считали безнадежной — это событие, но не революция. А если точнее, то нормальный этап эволюции терапевтических средств. И вот, почему ⬇️⬇️

Показано 20 последних публикаций.