GET OUT OF ME

Небольшой закреп обо мне и о канале, пожалуй, все-таки нужен, чтобы вновь приходящие не потерялись. Все ссылки ниже кликабельны и ведут на разные посты в этом канале.

Я докторант в Каролинском институте (Стокгольм, Швеция). Мой предыдущий опыт и моя сфера интересов сходятся на теме инфекционных заболеваний и иммунитета, но ими не исчерпываются. Сейчас я занимаюсь аутоиммунными заболеваниями - такими, как волчанка и ревматоидный артрит, - в частности, регулирующей ролью HLA в их патогенезе; раньше изучал лекарственную устойчивость туберкулеза и изменчивость ВИЧ, а когда пришел ковид, успел поработать и с ним.

До начала известных событий в 2022 году в канале освещались в основном публикации по околоковидной иммунологии, но с 2023 года я пишу как о своей собственной работе, так и на отвлеченные научные темы, нередко проводя и собственный анализ или обзор литературы. Иногда я делаю аналитические лонгриды наподобие этой работы или недавнего разбора о смертности в 1990-ых, иногда обозреваю литературу по разным темам - например, серия постов по нарушениям обоняния и запахам болезней, завершившаяся мини-обзором "Прием ведет хороший мальчик". Иногда комментирую актуальные новости, если они релевантны и интересны с точки зрения медицины и биологии, порой дополнительно рефлексируя на эти темы.

В общем, устраивайтесь поудобнее, особенно если вы толерантны к объемным текстам.

@getout_ofme

Правила лабораторной безопасности написаны в том числе кровью. История с умершей от чумы сотрудницей Иркутского научно-исследовательского противочумного института - лишь очередное тому подтверждение.

Поскольку я работал с инфекционными заболеваниями много лет, мне довелось повидать всякое. В 2014 году я, будучи студентом третьего курса биофака, случайно глотнул бульона с Salmonella typhimurium на работе в ветеринарном НИИ. И виной тому была не только и не столько моя беспечность, сколько систематические и одобряемые начальством нарушения техники безопасности. В той же лабе наша аспирантка однажды взорвала автоклав и хронически лазила голыми рукам в буфер с бромистым этидием. А в туберкулезном центре в Москве, в котором я работал позже, одна из лаборанток КЛД переболела туберкулезом.

Пишут, что девушка разбила пробирку с патологическим материалом или каким-то лабораторным образцом, содержащим иерсинии, возбудитель чумы. Другая версия - контакт с инфицированным материалом в командировке в эпидочаг. В первом случае, по всей видимости, либо сотрудница никому не сообщила о случившемся, либо и она, и ответственные лица пренебрегли этой информацией и ничего не предприняли. Отдаленно напоминает историю с лаборанткой Вектора, умершей от Эболы после случайного укола шприцем при работе с вирусом. Во втором же, возможно, девушка пренебрегла тревожными симптомами, поскольку в молниеносное течение поверить сложно.

В общем, если вы работаете с опасными инфекциями, вы и сами знаете, что так делать нельзя, но пусть такие случаи служат лишним напоминанием о том, что никогда нельзя расслабляться.

@getout_ofme

Не успел отгреметь грандиозный срач математиков с OpenAI насчет решения уравнений Навье-Стокса, как очередной скандал в благородном семействе сотряс интернеты. Выше я рассказывал о том, как Claude под руководством профессиональных кожаных мешков идентифицировал у бактериофагов систему, напоминающую ретроны бактерий. И вот теперь объявился некий персонаж, который утверждает, что он давно обнаружил эту систему и активно обсуждал ее с разными моделями компании Anthropic.

Некто Марио Родригез Местре, который то ли является research assistant в университете Копенгагена, то ли уже нет, работал с защитными системами прокариот (в том числе с ретронами) последние 6-8 лет. Он защитил PhD по противофаговым системам бактерий в университете Копенгагена в 2026 году. Дальнейшие движения в его карьере выглядят туманно, но сарафанное радио подсказало, что он ушел из группы, побросав все текущие проекты. По тому же радио передали, что Марио по субъективному мнению некоторых окружающих не вполне адекватен, но предлагаю абстрагироваться от этих оценочных суждений и отталкиваться от фактов.

Марио утверждает, что он нашел ту же фаговую систему ART, что описана в препринте Антропик, еще n лет назад, при этом в процессе работы активно обсуждая находку и код с Claude. По его словам, их научная группа назвала эти элементы jumbotrons - по наименованию jumbo фагов, в которых они были обнаружены. И вот теперь вдруг Антропики публикуют его находку как свою. Марио убежден, что новые модели дообучали на данных пользовательского ввода, поэтому знание об ART уже было в весах модели к моменту анализа, о чем он недвусмысленно сказал в комментарии для New York Times. Anthropic в ответном комментарии заявила, что на пользовательских промптах модели не учит, поэтому считает претензии Марио херней на палке.

Безусловно, Антропик может нагло врать - нет никаких причин верить им на слово. Особенно в условиях дефицита контента, сгенерированного кожаными мешками; интернет с ужасающей скоростью заполняется низкосортным нейрослопом, который нельзя использовать для обучения нейронок - вы будете смеяться, но они от него тупеют. Но, как известно, человеки тоже любят приврать и приукрасить - Марио мог сколь угодно долго ковырять какие угодно данные и обсуждать их с кем угодно, это не отменяет вероятности того, что Клод нашел эти системы в геномах бактериофагов без какой-либо наводки из промптов Марио. Стоит также учитывать, что по крайней мере первые два автора препринта Антропик, Peter Yoon и Januka Athukoralage, являются экспертами в области защитных систем прокариот, пусть и скорее с фокусом на CRISPR, чем на ретронах. У обоих есть по несколько публикаций в Science, Nature или Cell. В том, что эта команда, вооруженная безлимитным доступом к лучшим моделям Anthropic, могла независимо отыскать в данных секвенирования ту же систему, что и Марио, у меня никаких сомнений нет. Меня немного позабавил его скепсис насчет того, что агенты могли так "легко" найти эти системы, которые не так-то просто заметить, но это было вовсе не легко - 950 агентов работали 21 час (до 58 агентов параллельно), сожрав 215 миллионов токенов (!). Это как если всех ваших коллег запереть в клетке Фарадея и заставить работать, изредка побивая палками.

Поэтому здесь ситуация выглядит куда менее однозначной и некрасивой, чем срач OpenAI с математиками из-за Навье-Стокса. Но тем не менее, все эти прецеденты будут и дальше порождать дебаты о торможении и регуляции нейронок, что в итоге приведет и к снижению темпов развития целого ряда областей. При этом во всех подобных ситуациях виноваты исключительно алчные и жадные до славы и денег кожаные мешки, а не сами модели. Впрочем, за нейронками тоже уже есть ряд грешков, но об этом в другой раз.

@getout_ofme

Ютуб услужливо подсунул видео научпоп-блогера Ирины Якутенко от декабря 2025 с надписью "Найдена причина волчанки" на обложке, обозревающее свежую на тот момент статью Younis et al. 2025 в Science Translational Medicine о роли вируса Эпштейна-Барр (ВЭБ) в развитии волчанки. Разумеется, я тоже видел эту статью и отнесся к ней крайне скептически, но по каким-то личным причинам тогда не прокомментировал ее. Однако столь провокационно уверенный заголовок видео не мог оставить меня равнодушным. Правда, по-видимому, это не вина популяризатора, так как уверенность исходит от самих авторов: Уилл Робинсон, последний автор статьи, в комментарии заявил, что полагает, что их находка касается 100% случаев волчанки. Но так ли это?

Импульс изучению ВЭБ в контексте аутоиммунитета дал успех в области рассеянного склероза (РС). Одна из групп, продвигающих гипотезу о связи ВЭБ с РС, работает со мной буквально на одном этаже, я писал небольшой пост об их работе в Cell. А буквально на днях в Nature Medicine опубликовали статью, по данным которой у пациентов с РС за три месяца до клинического обострения обнаруживали изменения активности генов в B-клетках и моноцитах, связанные с реактивацией ВЭБ. Эпидемиология согласуется с молекуляркой: в крупном исследовании заражение ВЭБ предшествовало заболеванию и сопровождалось ростом риска примерно в 32 раза.

Название самой статьи ("ВЭБ перепрограммирует аутореактивные B-клетки в антигенпрезентирующие клетки при системной красной волчанке") вполне подкреплено ее результатами и не содержит никакого кликбейта. У пациентов обнаружили больше зараженных ВЭБ B-клеток, многие из которых распознавали собственные ядерные антигены и находились в состоянии активной антиген-презентации. Авторы связали эту программу с действием вирусного белка EBNA2. В экспериментах на клеточных линиях авторы инфицировали В-клетки ВЭБ и загрузили в них ДНК и связанные с ней белки из погибших клеток, что привело к активации аутоиммунного ответа. Однако первичные клетки получены от людей с уже существующей волчанкой, а функциональные эксперименты проведены в условиях дополнительной стимуляции и без ВЭБ-отрицательного контроля. В итоге получилась модель того, как ВЭБ может помогать аутоиммунному процессу, ничего не говорящая нам о причинно-следственных связях внутри этой рамки.

Волчанка - это крайне неоднородное заболевание. Мишени аутореактивности могут отличаться в зависимости от конкретных орган-специфичных проявлений (например, нейропсихиатрическая волчанка или люпус-нефрит), мы показали это в одной из наших работ, о которых я рассказывал. Более того, подтипы волчанки ассоциируются с разными генетическими факторами, что в целом дает повод полагать, что волчанка - это зонтичный термин для группы сходных аутоиммунных заболеваний. Авторы работы по ВЭБ никак не отрефлексировали это и оставили неоднородность волчанки полностью без внимания, что особенно любопытно в свете комментария Робинсона про 100% случаев.

ВЭБ исторически пытаются связать с самыми разными аутоиммунными заболеваниями. Ранее уже были попытки обосновать связь между ВЭБ и патогенезом волчанки; в частности, показано, что часть антител к Ro60, одному из основных антигенов в HLA-DRB1*03-ассоциированном типе волчанки, имеет перекрестную реактивность с EBNA1, важным белком ВЭБ. Авторы сделали эпитопное картирование обоих белков и обнаружили конкретные участки, обеспечивающие перекрестную реактивность - Ro60 169-180 и EBNA1 58-72.

Ранее мы установили, что волчанка характеризуется спектром аутореактивностей к целому набору собственных белков человека. Львиную долю этих антигенов объединяет их функция в широком смысле - это белки, связывающие ДНК или РНК. Это наблюдение еще в момент анализа данных натолкнуло меня на мысль, что иммуногенностью в этом случае обладает либо сам комплекс белка с нуклеиновой кислотой, либо какой-то общий структурный элемент этих белков. Первое частично подтверждается пластом старой литературы (например). Однако второе не менее интересно в контексте перекрестной реактивности с вирусным белком: и Ro60, и EBNA1 связываются с нуклеиновыми кислотами, а вышеупомянутые участки Ro60 169-180 и EBNA1 58-72 расположены как раз в центрах связывания нуклеиновых кислот (Ro60; EBNA1), что косвенно подкрепляет мою мысль и ставит под сомнение вклад этой кросс-реактивности в гипотезу о причинности между ВЭБ и волчанкой.

Резюмируя, работа Younis и соавторов и ряд прочих публикаций на эту тему помогают понять, как вирус может участвовать в аутоиммунном процессе. Кто этот процесс запустил, в какой момент и одинаково ли устроена эта история у разных пациентов - неизвестно. Громкие заголовки оставим на совести популяризаторов и нерадивых авторов.

@getout_ofme

Прием ведет хороший мальчик! 🐶

Завершим цикл публикаций про обоняние историей о том, как животные способны распознавать заболевания по запаху.

В предыдущем посте мы обсудили, что поверхности наших бренных тел источают большое количество информации, о которой мы обычно не имеем ни малейшего понятия. Животные (по крайней мере имеющие развитый нюх) способны считывать эту информацию значительно лучше, что подтверждается небольшим массивом опубликованных свидетельств.

В работе 2012 года по палатам двух нидерландских больниц водили бигля Клиффа. Его обучили распознавать запах Clostridioides difficile (до 2016 Clostridium) - бактерии, способной вызывать тяжелую диарею. Почувствовав нужный запах (это был не запах диареи, что следует из описания когорты), Клифф садился или ложился. Среди 300 пациентов он правильно отметил 25 из 30 человек с этой инфекцией и ошибочно заинтересовался пятерыми из 270 контрольных участников, один из которых сжульничал, предложив печеньку. Для чистоты эксперимента кинолог не знал, у каких пациентов подтвержден диагноз. Диагностическая чувствительность и специфичность Клиффа, таким образом, составила ~83 и 98%, соответственно.

Клиффа сначала учили на запахе бактериальных культур, потом на образцах кала; все мы понюхали этого в своей работе, что греха таить. Запах переносили на разные материалы и меняли обстановку, чтобы пес учился узнавать нужный сигнал среди посторонних.

А как насчет диагностики по носкам? Два песеля различали образцы от детей с малярией и без нее и находили около 70% положительных, а примерно в 90% отрицательных случаев правильно не подавали сигнал. Дети носили носки ночью, затем те отправлялись на обнюхивание. Так, грязные детские носки могут привести к публикации в Lancet Infectious Diseases.

Трудоустроить удалось также и других животных: например, в Танзании гигантских хомяковых крыс обучили искать туберкулез по запаху мокроты. В исследовании среди 982 детей от года до пяти обычная микроскопия выявила 34 случая. Крысы отмечали подозрительные образцы, которые затем перепроверили более чувствительным методом микроскопии, найдя еще 23 случая.

Удивительно, но изменения патогена также могут каким-то образом влиять на эту обонятельную диагностику: в финском исследовании собак обучали на кожных образцах людей, зараженных ранними вариантами SARS-CoV-2. Среди образцов с подтвержденным исходным вариантом B.1 они правильно распознали 55 из 62, а с вариантом Альфа - только 9 из 25. Либо патогенез альфа-ковида отличался достаточно заметно, чтобы запах был иным, либо вмешался некий фактор, который авторы не учли. В таких исследованиях порой сложно все учесть, но как минимум, необходимо убедиться, что кожаный невольно не подсказывает ответ; в отдельном эксперименте с поиском наркотиков и взрывчатки кинологи чаще сообщали о сигналах собак возле мест, где им заранее намекнули на наличие цели (самой цели там при этом не было).

Не обязательно быть инфицированным чем-либо, чтобы пахнуть особенно. В работе 2025 года две собаки различали кожные образцы людей с болезнью Паркинсона и контрольных участников. Одна нашла 28 из 40 положительных образцов, другая - 32; среди 60 контрольных они дали шесть и один ложный сигнал соответственно. Среди соавторов обнаружился и кожаный мешок с аналогичными способностями - некто Джой Милн. Именно ее наблюдение за изменившимся запахом мужа задолго до диагноза подтолкнуло исследователей заняться этой темой. В небольшом эксперименте с футболками она распознала всех шестерых пациентов с Паркинсоном, но также отметила одного из шести контрольных участников. Через девять месяцев тот сообщил, что ему тоже поставили этот диагноз.

Что именно позволяет унюхать болезнь или возбудителя? Обычно это некие летучие вещества, набор которых связан с состоянием организма. При болезни Паркинсона различия в составе летучих компонентов кожного сала обнаруживали и химическим анализом. Однако мы по-прежнему не знаем, какие именно молекулы или их сочетания обеспечивают такую обонятельную диагностику.

@getout_ofme

Инфекции могут влиять не только на то, как мы воспринимаем запахи, но и на то, как мы сами пахнем. Как оказалось, некоторые исследователи задавались вопросом, можно ли унюхать чужой иммунный ответ.

Восемь здоровых добровольцев в разные дни получали липополисахарид (LPS, компонент наружной мембраны грамотрицательных бактерий) и плацебо. LPS - сильный триггер воспалительного ответа, часто используется для моделирования острой фазы воспаления. После инъекции они несколько часов носили футболки, а затем ещё 40 человек эти футболки нюхали. Запах после LPS оценили как более неприятный. Результат позже воспроизвелся в аналогичной работе на 50 донорах.

Как видите, для изменения запаха оказалось достаточно экспериментальной активации иммунитета. Размножающийся возбудитель для этого не обязателен. Были и попытки понять, чем, собственно, пахнет воспаление; в работе на мышах животных обучали распознавать запах мочи других мышей, получивших инъекцию LPS. Затем им предлагали образцы мочи после введения отдельных сигнальных молекул воспаления, цитокинов. Моча мышей, получивших TNF, распознавалась как похожая на образцы после LPS, после IL-1β и IL-10 же ничего подобного не происходило. В вышеупомянутой работе у людей в подмышках после LPS обнаружили больше 6-метил-5-гептен-2-она, но доказать, что именно он делал запах неприятным, не удалось; возможен и вклад ткани футболок.

Проверяли это и с настоящими ОРВИ. Запах людей во время ОРВИ и после выздоровления оценивали по приятности и интенсивности, но убедительных различий не получили. Позже в исследовании от той же группы задачу изменили: 80 участникам предъявляли пары образцов одного человека и просили выбрать тот, что собран во время ОРВИ. Точность составила лишь 56.7% при случайных 50%. В общем, в этом экспертиенте кожаные мешки довольно посредственно распознавали эти сигналы; полагаю, шерстяные мешки значительно лучше справляются с этой задачей.

Напрашивается идея, что запах помогает окружающим держаться подальше и не заражаться, т.е., что в этом есть некий эволюционный смысл. Однако есть и случаи, где изменение запаха работает вообще в пользу возбудителя. В исследовании вирусов денге и Зика зараженные мыши становились привлекательнее для комаров. Авторы разобрали цепочку на мышах: инфекция снижала выработку кожного антимикробного белка RELMα, разрастались бактерии, производящие летучее вещество ацетофенон, который привлекал сраных комаров. На пациентах с денге повышенная выработка ацетофенона воспроизвелась. У мышей в эту цепь удалось вмешаться: изотретиноин, производное витамина А, восстанавливал уровень RELMα и вновь снижал привлекательность животных для комаров.

Так что заболевший организм действительно может выдавать свое состояние через запах. Только получатели этой информации бывают с разными интересами: одни предпочтут отойти подальше, а другие могут расценить как приглашение к ужину. Такие дела, мышата.

@getout_ofme

На связи Марко. В жизни не поверите, но моя научная работа в Швеции неожиданно превратилась в смертельную схватку со шведским государством и органами госбезопасности за право собственно проводить эту исследовательскую работу. Я ни за что бы сам не поверил в это еще несколько лет назад, но мы живем в совершенно неадекватном и безумном мире, в котором происходят удивительные вещи. Подробнее о том, что здесь творится в отношении исследователей из России (а также Ирана и реже Китая), можно почитать в уже слегка устаревшем материале Судьба нерезидента (если не открывается, еще ссылка) иноагентского издания Т-Инвариант.

В общем, мне было немножко не до канала, но, вероятно, пришло время вернуться к публикациям. Подготовил для вас довольно объемный материал по аносмии и паросмии, вот-вот будет опубликован.

2/2

Начало здесь.

Клинически стоит отметить, что хантавирусы Старого света обычно вызывают геморрагическую лихорадку с почечным синдромом (ГЛПС / HFRS), тогда как вирусы Нового света ассоциированы с хантавирусным сердечно-легочным синдромом (ХСЛС / HCPS). Хантавирусы - не типичные респираторные патогены, основная локализация - это сосуды, в частности, сосудистая стенка. Они инфицируют эндотелий небольших сосудов, а тяжесть связана с нарушением сосудистой проницаемости, воспалением, тромбоцитопенией, гемостазом и иммунопатологией. Проблема не только и не столько в репликации вируса, а в том, что его деятельность провоцирует дисфункцию эндотелия.

Андес сам по себе интересен именно своей способностью к передаче между людьми, и здесь важно вспомнить не только злосчастный MV Hondius, но и масштабную (по меркам хантавирусов) хорошо задокументированную вспышку 2018-2019 годов в аргентинской провинции Chubut. Там было 34 подтвержденных инфицирования и 11 смертей, а анализ цепочек передачи указывал на передачу между людьми и роль отдельных суперраспространителей. CFR тогда составил ~32%. Так что Андес вовсе не обязан приобретать пандемический потенциал, чтобы устроить лепрозорий в тесном сообществе. Тем не менее, это и близко не корь, не омикрон и не оспа. Для передачи между людьми необходим тесный контакт, поэтому большого риска на сегодняшний день этот вирус не несет.

Про этиотропную терапию и профилактику. С лечением, к сожалению, все довольно печально. Специфического одобренного противовирусного лечения для ХСЛС нет. Как и в случае с большинством других подобных инфекций, решает раннее распознавание, госпитализация, кислород, вентиляция, вазопрессоры, контроль жидкости. С вакцинами дела тоже ни шатко ни валко: существуют инактивированные вакцины против вирусов Старого света в Китае и Южной Корее, однако их эффективность вызывает вопросы, а также они почти наверняка бессильны против Андес. Есть современные кандидаты, включая конкретно ДНК-вакцину против Андес, которая в фазе 1 была безопасной и индуцировала выработку нейтрализующих антител, но по эффективности пока нет данных.

Есть ли у хантавирусов пандемический потенциал? Думаю, сравнительно низкий. Это опасные зоонозные вирусы, но у них нет главного свойства SARS-CoV-2: легкой, устойчивой и массовой передачи между людьми. Сильный тропизм к клеткам эндотелия также ограничивает этот потенциал, поскольку этих клеток вирусу не так-то просто достичь. Можно поспекулировать насчет эволюционных возможностей - вирусы этой группы накапливают мутации примерно с теми же скоростями, что и другие РНК-вирусы, однако из-за сравнительно небольшого генома это выражается в меньшем количестве абсолютных замен на линию в год. Какой-то значимой способности к адаптации к человеку пока тоже выявлено не было: например, у одного пациента геномная РНК вируса Андес минимум 6 лет персистировала где-то в пределах репродуктивной системы; за это время накопилось всего две точечные мутации и одну делецию. Вирус, правда, в том исследовании выделить не удалось. Не было получено данных о какой-либо адаптации и в ходе расследования вспышки в Аргентине в 2018. К слову, пусть вас не пугают высокие показатели CFR - мета-анализ 110 исследований вывел оценку глобальной серопревалентности порядка 2.9%, что при низкой общей смертности дает основания полагать довольно низкий IFR для хантавирусов в целом, потому что значительное количество инфекций, вероятно, протекает бессимптомно. Но конкретно по Андес и прочим опасным хантавирусам данных нет.

Так что едва ли эта штука способна спровоцировать что-то хотя бы отдаленно напоминающее безудержное веселье начала 2020-ых. Такой вирус вы скорее подхватите при уборке обосранного мышами сарая, чем от коллеги по офису. Преуменьшать опасность вирусов этой группы не стоит, но опасны они совсем по-другому - локальными вспышками.

Военные эксперты в срочном порядке снова становятся вирусологами благодаря вспышке хантавирусной инфекции на лайнере MV Hondius. В новостях фигурирует вирус Андес - на сегодня единственный хантавирус, для которого надежно описана ограниченная передача от человека к человеку. Не хочу разочаровывать, но нет, это не новый ковид, как многие уже могли догадаться. По последнему официальному обновлению ECDC на 17 мая 2026, с этой вспышкой связано 12 случаев: 9 подтверждённых, 2 вероятных, 1 неопределенный и 3 смерти; данные меняются в реальном времени и устаревают уже к моменту публикации. За вспышкой подробно следят, например, на канале Эпидстатус, я же скорее хочу поговорить о том, что из себя представляют хантавирусы как таковые.

Хантавирусы - группа вирусов семейства Hantaviridae внутри порядка Bunyavirales, в народе буньявирусы. В природе хантавирусы живут в основном в грызунах. Часто связь довольно специфичная: определенный вирус ассоциирован с определенным резервуарным видом или близкой группой видов. У грызунов инфекция обычно персистирует без тяжелой болезни, а человек для большинства хантавирусов тупиковый хост. Основной путь заражения - аэрозоли из мочи, фекалий или слюны зараженных грызунов; укусы возможны, но это не главный сценарий.

Условно семейство принято делить по географии преимущественного обнаружения на хантавирусы Нового и Старого света, при этом стоит отметить, что это все разные вирусы, а не варианты одного вируса, как дельта или омикрон. Идентичность последовательностей N-белков у хантавирусов Нового света Андес и Син Номбре, считающихся близкими, составляет лишь 85.7%. Если проводить аналогию с SARS-CoV-2, то удаленность близкого Син Номбре от Андес находится примерно между дистанциями SARS-CoV и MERS-CoV от SARS-CoV-2, то есть, это совершенно определенно разные вирусы. Это уже не говоря о том, что вирусы Старого и Нового света, по всей видимости, используют разные входные рецепторы.

По структуре генома и репродуктивному циклу. Это оболочечные РНК-вирусы с трехсегментным геномом отрицательной полярности, состоящим из сегментов S, M и L (small, medium, large / малый, средний и большой, соответственно). Эти сегменты кодируют нуклеокапсидный белок N, гликопротеины Gn/Gc, формирующие оболочечные шиповидные комплексы, и РНК-зависимую РНК-полимеразу RdRp, она же L-белок. Поскольку геномная РНК отрицательная, вирус сначала синтезирует РНК(+) для отдельных генов или для целого генома, так что RdRp cпособна работать в двух разных режимах. В режиме транскрипции RdRp синтезирует на геномной РНК короткие матричные РНК для отдельных генов, чтобы вирус накапливал материал для размножения; как только накапливается критическая концентрация нуклеокапсидного белка, RdRp переходит в режим репликации и начинает копировать целиком вирусный геном через РНК-положительную цепь-посредник. Для сравнения, у коронавирусов РНК положительной полярности, поэтому может сразу сама по себе служить матрицей для синтеза белков. Так что у буньявирусов, к которым относятся хантавирусы (и еще куча всякой гадости типа вируса Конго-Крымской лихорадки), репродуктивный цикл довольно сложный и тщательно регулируемый, что потенциально делает его годной мишенью для препаратов, если таковые будут.

С входными рецепторами, впрочем, тоже не все так просто. Ранее было принято считать, что основными рецепторами для входа служат β3-интегрины, однако эксперименты показали, что β3- и β1-интегрины не выглядят универсальными и обязательными. Зато для хантавирусов Нового света, включая Андес, очень важным оказался протокадгерин-1, он же PCDH1: его потеря существенно снижала способность вируса инфицировать клетки эндотелия, а в модельной инфекции Андес на сирийских хомяках нокаут гена PCDH1 защищал от летального исхода. С хантавирусами Старого света все сложно, протокадгерин не объясняет их вход, а универсальный рецептор для них так и не описан.

1/2

Продолжение здесь.

Пока вы весь прошлый год, тихо офигевая, читали свои новостные ленты, SARS-CoV-2 продолжил эволюционировать в тени медийного внимания, главным образом за счет дрейфа внутри ветви JN.1 и периодических событий рекомбинации. Я решил проанализировать помесячную динамику циркуляции линий вируса в Европе и России по данным базы GISAID с 1 января по 31 декабря 2025 года.

Вкратце о результатах: в Европе первый квартал 2025 характеризовался большим количеством конкурирующих линий без устойчивой доминанты: заметную долю имел рекомбинант XEC, но параллельно циркулировало множество субвариантов JN.1-кластера. Во втором полугодии европейский профиль резко унифицировался за счёт быстрого роста рекомбинанта XFG Стратус и его многочисленных субвариантов; NB.1.8.1 также присутствовал в данных эпиднадзора, но в небольших количествах. В России же в первом полугодии картина была иной: выраженная локальная волна LF.7.1.3 и родственных линий сменилась почти полным доминированием XFG-кластера к лету-осени.

То, что начиналось как небольшая заметка, в итоге скушало три недели и превратилось в грандиозную по размерам статью, которую я разместил по ссылке ниже. Надеюсь, вам будет интересно.

Как я указал во введении, данная работа идейно продолжает мои более ранние заметки Кухонная молекулярка: омикрон в России и Дети омикрона, которые также могут быть интересными.

Приобщиться: https://teletype.in/@getout_ofme/sarscov2_evo_dynamics

Начало выше.

Теперь для баланса стоит отметить, что есть весьма неплохие работы, в которых изучался вопрос связи вакцинации от ковида и фертильности или исхода беременности. Например, в этой статье авторы попытались оценить влияние вакцинации и инфекции на фертильность на основе данных опроса; единственный вывод, который они смогли сделать - перенесенная инфекция временно снижает мужскую фертильность (на месяц-другой). Все, что было возможно учесть при таком дизайне исследования, было учтено.

По связи вакцинации с исходом беременности есть, например, вот такая работа по Швеции и Норвегии, которая сильна данными из национальных реестров и, соответственно, выборкой в 150+ тысяч живорождений с максимальным возможным количеством данных по включенным в выборку женщинам. По данным этого исследования, не обнаружено связи вакцинации во время беременности с нежелательными исходами. Просто чтобы вы понимали количество факторов, которые авторы сочли нужным учесть в этом анализе (переведено):

Мы внесли поправки на следующие потенциальные факторы, влияющие на результат: возраст матери на начало беременности, количество родов (0, 1 и ≥2), уровень образования (≤9 лет, 10-12 лет и >12 лет), наличие партнера (да или нет), доход домохозяйства (только Норвегия), страна рождения, разделенная на 4 региона (Скандинавия, другие европейские страны, Ближний Восток/Африка, другие [т.е. Северная Америка, Южная Америка, Латинская Америка, Азия, Австралия и Новая Зеландия]), наличие положительного результата теста на SARS-CoV-2 (нет, положительный результат до беременности и положительный результат во время беременности) и наличие сопутствующих хронических заболеваний (да или нет). К сопутствующим хроническим заболеваниям относились любые зарегистрированные в дородовой или родовой медицинской карте гипертония, хроническая болезнь почек, астма, сердечно-сосудистые заболевания, тромбоз и диабет. Все эти заболевания связаны как с вероятностью вакцинации, так и с риском неблагоприятных осложнений беременности. В дополнительном анализе учитывались курение во время беременности (да или нет) и индекс массы тела до беременности для тех беременностей, по которым эта информация была доступна. Для всех остальных переменных, кроме курения и индекса массы тела, были включены отдельные категории для неизвестных или отсутствующих данных. Мы не восполняли недостающую информацию по ковариатам, поскольку лица с отсутствующей информацией, особенно по образованию и доходу, чаще являются иммигрантами, а у нас было ограниченное количество данных в реестрах для восполнения недостающих значений для этой группы.

Поэтому, как можно лишний раз убедиться, даже с рецензируемыми источниками всегда стоит быть внимательным. Причем независимо от импакт-фактора журнала: так, в 2010 году Science опубликовал статью о бактерии, которая может полностью заместить фосфор мышьяком. Если вдруг не знаете, на фосфоре построена вся ДНК и РНК. Отозвали статью аж в 2025 году, все эти годы она так и висела как обычная опубликованная статья с каким-то малозаметным комментарием.

@getout_ofme

Обычно мы с вами тут обсуждаем хорошие статьи, прошедшие, вероятно, качественную процедуру peer review - рецензирования -, которая, конечно, сама по себе не гарантирует истинность выводов в последней инстанции, но тем не менее является неким знаком качества, апробирующим работу. Но сегодня на живом примере посмотрим, какими еще бывают научные публикации.

Вчера довелось ознакомиться со статьей, которая прям в абстракте транслирует страшную правду™: у женщин, вакцинированных мРНК-вакцинами от ковида, количество успешных зачатий было существенно ниже, чем у невакцинированных. Статья озаглавлена как "Показатели успешности зачатия в зависимости от статуса вакцинации против COVID-19: данные из Чешской Республики". Звучит внушительно; наверное, была проделана большая работа - собрана демография и социология по выборкам, проведены опросы или что-нибудь такое. Чего-то подобного ожидаешь, когда видишь такой заголовок.

Вкратце, что сделали авторы: взяли данные по живорождениям и статусу вакцинации от ковида среди женщин 18-39 лет (в период январь 2021 - декабрь 2023) и сравнили количества "успешных зачатий" в выборках вакцинированных и невакцинированных. Всё.

Сложно даже решить, с чего в обсуждении этой работы стоит начать. Пожалуй, с того, что успешное зачатие авторы определяют как зачатие, приведшее к живорождению, игнорируя такие мелочи, как прерывание беременности по множеству различных причин, не имеющих никакого отношения к фертильности, которая суть способность зачать. То есть, количество успешных зачатий по определению больше количества живорождений, поскольку далеко не все зачатия заканчиваются родами.

Думаете, авторы собрали хоть какую-то статистику по выборкам? Да хера с два. У них не оказалось данных даже по распределению возраста внутри выборок, что критически важно для изучения вопросов фертильности. Все, что мы знаем о возрасте - это диапазон, тогда как распределение внутри диапазона может быть любым; стоит знать хотя бы медиану, чтобы примерно понять, кто включен в группу. Никак не учтены потенциальные конфаундеры (спутывающие переменные, влияющие и на причину, и на исход - собственно возраст, частота незащищенного секса, социальные и экономические факторы), мужская фертильность и прочие нюансы, которые в такой работе обязаны присутствовать, иначе она просто не может быть опубликована в рецензируемом издании.

И она, вероятно, не была бы опубликована, если бы не одно "но". Сейчас все чаще практикуется такая положительная вещь, как публикация текстов рецензий вместе со статьей, и тут как раз такой случай. Из этого любопытного документа мы можем узнать, что Рецензент 1 тоже заметил все вышеперечисленные красные флаги и рекомендовал статью зарубить без права на реабилитацию, поскольку она не отвечает элементарным требованиям к научности.

Однако после первого раунда Рецензент 1 ничего не ответил на ревизию статьи, поэтому редактор решил просто принять ее "как есть". Так что стоит реагировать на ревизии, чтобы такие вот странные статьи не публиковались в рецензируемых изданиях.

Конечно, стоит также учитывать, что журнал это далеко не топовый, мягко говоря, но он тем не менее индексируется Web of Science и в идеале должен бы совсем уж мусор не пропускать.

Продолжение далее (чертов лимит по количеству символов).

Пока я готовлю к публикации в канал довольно большой материал о генетической эпидемиологии ковида в России и Европе в прошедшему году (рисунки готовы, пишу текст), поделюсь с вами тем, что с удивлением на днях увидел сразу в нескольких новостных источниках. Моя соседка по этажу в центре молекулярной медицины Каролинского института, assistant professor Оливия Томас, которая возглавляет одну из групп по рассеянному склерозу (далее РС), попала со своей новой публикацией в журнале Cell на новостной портал института, откуда заметка разлетелась по всему миру, попав в том числе в русскоязычный Телеграм и российские медиа.

"Наши результаты предоставляют механистические доказательства того, что иммунный ответ на вирус Эпштейна-Барр может напрямую повреждать мозг при рассеянном склерозе. Это сложное неврологическое заболевание, и, возможно, молекулярные механизмы различаются у разных пациентов.",

сказала Оливия для новостного портала института.

Это очередная работа, которая указывает на ассоциацию вируса Эпштейна-Барр (ВЭБ) с РС. Стоит отметить, что они уже не один год работают над связкой "ВЭБ - РС", эта связь неплохо исследована в том числе в их публикациях, так что я склонен считать это если не доказанным, то как минимум обоснованным. Можно ознакомиться со списком публикации Оливии здесь, они все так или иначе связаны с ВЭБ и РС, да и сама гипотеза не новая.

Отправная точка такая: ВЭБ считается почти необходимым фактором для развития РС, и ранее уже обсуждали (тоже коллеги из KI) перекрестную реактивность антител между вирусным белком EBNA1 и человеческим белком ANO2 (anoctamin-2), играющим важную роль в проведении сигнала в сенсорных системах - в частности, зрительной и обонятельной. В новой работе фокус смещен на CD4+ Т-клетки. В образцах крови авторы обнаружили, что ответ CD4+ Т-клеток на ANO2 встречается у заметной доли нелеченных пациентов с РС (в статье фигурирует около 57%) и в среднем выражен сильнее, чем у контролей. Кроме того, интенсивность ответа на человеческий ANO2 связана с ответом на вирусный EBNA1, что намекает на общую иммунологическую ось вокруг ВЭБ.

Дальше они пошли глубже и показали, что у пациентов можно выделить клоны CD4+ Т-клеток, которые реагируют и на EBNA1, и на ANO2, то есть реально обладающие перекрестной специфичностью. Анализ репертуаров Т-клеточных рецепторов (TCR) поддержал эту идею: репертуары, отвечающие на EBNA1 и на ANO2, частично перекрываются, что согласуется с существованием общих перекрестно-реактивных клонов. По данным single-cell секвенирования (транскриптóм + TCR) такие ANO2-специфичные и перекрестно-реактивные CD4+ клетки часто выглядели более патогенными: с признаками активированного и воспалительного профиля, который потенциально может быть релевантен для повреждения тканей при РС.

Наконец, на мышиной модели авторы проверили, имеет ли эта ось функциональные последствия: предварительная иммунизация белком ANO2 (и в ряде экспериментов EBNA1) делала заболевание тяжелее, а перенос ANO2-специфичных Т-клеток усиливал патологию. Это связывают с усилением нейровоспаления и признаками нарушения барьерных механизмов и миграции клеток в зоны, где присутствует ANO2.

Итого, основной тезис статьи: ВЭБ может быть не просто эпидемиологическим триггером, а источником Т-клеточного ответа, часть которого по механизму молекулярной мимикрии ошибочно нацеливается на аутоантиген ANO2 и тем самым способствует поддержанию воспаления при РС.

Всех коллег из списка авторов поздравляю с классной публикацией! Впрочем, они телеграм не читают, но вдруг.

@getout_ofme